پشتیبانی و اطمینان درخت فیلوژنتیک
معیارهای پشتیبانی، میزان قوی بودن دادهها را در حمایت از شاخههای منفرد یک درخت تخمینزدهشده کمیسازی میکنند، به طوری که بخشهای قوی و ضعیف یک فیلوژنی قابل تشخیص باشند.
Definition
پشتیبانی درخت، تخمینی کمی از اطمینان به یک کلاد یا شاخه معین از یک درخت فیلوژنتیک است که از بازنمونهبرداری دادهها یا از توزیع پسین درختان به دست میآید.
Scope
این موضوع شامل پشتیبانی مبتنی بر بازنمونهبرداری مانند بوتاسترپ ناپارامتریک و جکنایف، پشتیبانی واپاشی (برمر) تحت پارسیمونی، احتمالات پسین بیزی، و تفسیر و سوگیریهای شناختهشده این معیارها، از جمله معنای یک مقدار پشتیبانی خاص میشود.
Core questions
- روشهای بازنمونهبرداری چگونه اطمینان به یک کلاد را تخمین میزنند؟
- تفاوت بین مقادیر بوتاسترپ و احتمالات پسین بیزی چیست؟
- یک مقدار پشتیبانی معین چگونه باید تفسیر شود؟
- چه سوگیریهایی بر معیارهای پشتیبانی تأثیر میگذارند؟
Key theories
- بوتاسترپ ناپارامتریک
- کاراکترها با جایگزینی بازنمونهبرداری میشوند تا مجموعهدادههای شبهتکراری ساخته شوند، و فراوانی تکرار یک کلاد در بین تکرارها به عنوان پشتیبانی بوتاسترپ آن گزارش میشود.
- تفسیر مقادیر بوتاسترپ
- مطالعات تجربی و شبیهسازی نشان میدهند که نسبتهای بوتاسترپ تخمینهای محافظهکارانهای از قابلیت اطمینان در شرایط واقعبینانه هستند و مبنای این قرارداد را فراهم میکنند که مقادیر بالا نشاندهنده کلادهای به خوبی پشتیبانیشده هستند.
Clinical relevance
مقادیر پشتیبانی به محققان میگویند که کدام روابط استنباطشده به اندازه کافی قابل اعتماد هستند تا بر اساس آنها عمل شود، که یک محافظ ضروری است زمانی که فیلوژنیها راهنمای انتساب شیوع، ردیابی منبع، یا تصمیمات حفاظتی هستند.
History
اقتباس فلتنشتاین در سال ۱۹۸۵ از بوتاسترپ برای فیلوژنیها، یک معیار اطمینان عملی را معرفی کرد که تقریباً جهانی شد؛ آزمایشهای تجربی بعدی و ظهور احتمالات پسین بیزی، نحوه گزارش و تفسیر پشتیبانی شاخه را توسط سیستماتیکدانان اصلاح کرد.
Debates
- بوتاسترپ در مقابل احتمالات پسین بیزی
- احتمالات پسین بیزی اغلب برای دادههای مشابه بالاتر از مقادیر بوتاسترپ هستند، و بحثهای جاری در مورد اینکه کدام یک بهتر کالیبره شده است و هر یک چگونه باید تفسیر شود، وجود دارد.
Key figures
- Joseph Felsenstein
- David Hillis
- James Bull
Related topics
Seminal works
- felsenstein1985
- hillis1993
- felsenstein2004
Frequently asked questions
- مقدار بوتاسترپ ۹۵ درصد به چه معناست؟
- به این معنی است که کلاد در ۹۵ درصد از تحلیلهای شبهتکراری بازنمونهبرداریشده ظاهر شده است؛ مقادیر بالا نشان میدهد که نتیجه در برابر بازنمونهبرداری کاراکترها قوی است، اگرچه آنها احتمالات آماری دقیق نیستند.
- چرا احتمالات پسین بیزی با مقادیر بوتاسترپ متفاوت است؟
- آنها به روشهای متفاوتی محاسبه میشوند، به طوری که احتمالات پسین نشاندهنده نسبت درختان نمونهبرداریشده حاوی یک کلاد است؛ برای دادههای مشابه، آنها اغلب بالاتر از پشتیبانی بوتاسترپ مربوطه هستند.