کلادیستیک و پارسیمونی
پارسیمونی کلادیستیک، درخت تکاملیای را انتخاب میکند که ویژگیهای مشاهدهشده را با کمترین تغییرات توضیح دهد و هموپلازی را به عنوان هزینهای در نظر میگیرد که باید به حداقل برسد.
Definition
حداکثر پارسیمونی یک معیار بهینگی است که درخت فیلوژنتیک را با به حداقل رساندن تعداد کل تغییرات حالت-ویژگی مورد نیاز برای توضیح دادهها انتخاب میکند.
Scope
این موضوع شامل معیار بهینگی پارسیمونی، شمارش تغییرات حالت-ویژگی (طول درخت)، استراتژیهای جستجو برای یافتن کوتاهترین درختان، روشهای اجماع برای خلاصهسازی چندین درخت با پارسیمونی یکسان، و مفروضات و انتقادات وارده بر پارسیمونی به عنوان مبنایی برای استنتاج فیلوژنتیک است.
Core questions
- طول یک درخت تحت پارسیمونی چگونه محاسبه میشود؟
- کوتاهترین درختان چگونه یافت میشوند، زمانی که جستجوی جامع غیرممکن است؟
- چندین درخت با پارسیمونی یکسان چگونه خلاصهسازی میشوند؟
- پارسیمونی تحت چه شرایطی میتواند گمراهکننده باشد؟
Key theories
- اصل حداقل تغییر
- پارسیمونی درختی را ترجیح میدهد که کمترین تغییرات تکاملی را نیاز دارد، با این استدلال که فرضیههای موقت هموپلازی باید به حداقل برسند.
- جذب شاخه بلند
- پارسیمونی میتواند از نظر آماری ناسازگار باشد و دودمانهای با تکامل سریع را به دلیل تغییر همگرا به جای اجداد مشترک، با هم گروهبندی کند، که این حالت شکست به عنوان جذب شاخه بلند شناخته میشود.
Clinical relevance
درختان مبتنی بر پارسیمونی همچنان به طور گسترده برای مجموعهدادههای مورفولوژیکی و ترکیبی، از جمله تحلیلهای حاوی فسیل، استفاده میشوند که درک ما را از تکامل صفات مرتبط با زیستشناسی مقایسهای و زیستپزشکی بهبود میبخشند.
History
پارسیمونی به روش محاسباتی غالب در دوران کلادیستیک تبدیل شد که از دهه 1980 به بعد در نرمافزارهای پرکاربرد پیادهسازی شد؛ اثبات فلسنشتاین مبنی بر اینکه پارسیمونی میتواند تحت نرخهای نابرابر ناسازگار باشد، باعث ظهور جایگزینهای مبتنی بر مدل شد.
Debates
- آیا پارسیمونی یا احتمال ترجیح داده میشود
- طرفداران پارسیمونی بر مفروضات حداقلی و شفافیت آن تأکید میکنند، در حالی که منتقدان به ناسازگاری آماری آن تحت نرخهای ناهمگن اشاره کرده و روشهای مبتنی بر مدل را ترجیح میدهند.
Key figures
- Willi Hennig
- Joseph Felsenstein
- James Farris
Related topics
Seminal works
- hennig1966
- wiley2011
- felsenstein2004
Frequently asked questions
- چرا تعداد تغییرات تکاملی را به حداقل برسانیم؟
- پارسیمونی هر تغییر اضافی را به عنوان یک فرض موقت اضافی از هموپلازی در نظر میگیرد، بنابراین کوتاهترین درخت به عنوان بهترین توضیح پشتیبانی شده از دادهها تلقی میشود.
- جذب شاخه بلند چیست؟
- این یک مصنوع است که در آن دو دودمان نامرتبط و با تکامل سریع با هم گروهبندی میشوند، زیرا شباهتهای همگرای تصادفی به اشتباه به عنوان اجداد مشترک در نظر گرفته میشوند، که یک ضعف شناخته شده پارسیمونی است.