Soporte y confianza del árbol

Las medidas de soporte cuantifican la fuerza con la que los datos respaldan las ramas individuales de un árbol estimado, de modo que se puedan distinguir las partes fuertes y débiles de una filogenia.

Definition

El soporte del árbol es una estimación cuantitativa de la confianza en un clado o rama dada de un árbol filogenético, derivada del remuestreo de los datos o de la distribución posterior de los árboles.

Scope

Este tema abarca el soporte basado en remuestreo, como el bootstrap no paramétrico y el jackknife, el soporte de decaimiento (Bremer) bajo parsimonia, las probabilidades posteriores bayesianas, y la interpretación y los sesgos conocidos de estas medidas, incluyendo el significado de un valor de soporte particular.

Core questions

• ¿Cómo estiman los métodos de remuestreo la confianza en un clado?
• ¿Cuál es la diferencia entre los valores de bootstrap y las probabilidades posteriores bayesianas?
• ¿Cómo se debe interpretar un valor de soporte dado?
• ¿Qué sesgos afectan las medidas de soporte?

Key theories

Bootstrap no paramétrico

Los caracteres se remuestrean con reemplazo para construir conjuntos de datos pseudoreplicados, y la frecuencia con la que un clado se repite en las réplicas se informa como su soporte bootstrap.

Interpretación de los valores de bootstrap

Estudios empíricos y de simulación muestran que las proporciones de bootstrap son estimaciones conservadoras de la fiabilidad bajo condiciones realistas, lo que informa la convención de que los valores altos indican clados bien soportados.

Clinical relevance

Los valores de soporte indican a los investigadores qué relaciones inferidas son lo suficientemente fiables como para actuar sobre ellas, una salvaguarda esencial cuando las filogenias guían la atribución de brotes, el rastreo de fuentes o las decisiones de conservación.

History

La adaptación del bootstrap a las filogenias por Felsenstein en 1985 introdujo una medida de confianza práctica que se volvió casi universal; las pruebas empíricas posteriores y el surgimiento de las probabilidades posteriores bayesianas refinaron cómo los sistemáticos informan e interpretan el soporte de las ramas.

Debates

Bootstrap versus probabilidades posteriores bayesianas

Las probabilidades posteriores bayesianas suelen ser más altas que los valores de bootstrap para los mismos datos, y existe un debate continuo sobre cuál está mejor calibrado y cómo debe interpretarse cada uno.

Key figures

• Joseph Felsenstein
• David Hillis
• James Bull

Seminal works

• felsenstein1985
• hillis1993
• felsenstein2004

Frequently asked questions

¿Qué significa un valor de bootstrap del 95 por ciento?

Significa que el clado apareció en el 95 por ciento de los análisis pseudoreplicados remuestreados; los valores altos indican que el resultado es robusto al remuestreo de los caracteres, aunque no son probabilidades estadísticas exactas.

¿Por qué difieren las probabilidades posteriores bayesianas de los valores de bootstrap?

Se calculan de manera diferente, con las probabilidades posteriores reflejando la proporción de árboles muestreados que contienen un clado; para los mismos datos, con frecuencia son más altas que el soporte bootstrap correspondiente.