Terminología y Enraizamiento de Árboles Filogenéticos
La lectura de un árbol filogenético requiere fluidez en sus partes (nodos, ramas, puntas y clados) y una comprensión de cómo el enraizamiento le da al árbol una dirección temporal.
Definition
Un árbol filogenético es un diagrama ramificado que representa relaciones evolutivas inferidas; el enraizamiento es la colocación de la base del árbol que establece la dirección del descenso de ancestros a descendientes.
Scope
Este tema cubre la anatomía de los árboles filogenéticos (nodos terminales e internos, ramas, raíz, grupo interno y grupos hermanos), la diferencia entre árboles enraizados y no enraizados, métodos de enraizamiento como el enraizamiento por grupo externo y por punto medio, y la interpretación de la topología versus la longitud de las ramas.
Core questions
- ¿Cuáles son los componentes estructurales de un árbol filogenético?
- ¿En qué se diferencia un árbol enraizado de uno no enraizado?
- ¿Qué métodos se utilizan para enraizar un árbol y qué suposiciones implican?
- ¿Qué información transmite la topología versus la longitud de las ramas?
Key theories
- El enraizamiento establece la polaridad
- La mayoría de los métodos de construcción de árboles producen redes no enraizadas; la colocación de una raíz, comúnmente a través de un grupo externo, orienta el árbol en el tiempo y convierte las relaciones por pares en declaraciones ancestro-descendiente.
- Topología versus longitud de rama
- El orden de ramificación (topología) codifica las relaciones, mientras que las longitudes de las ramas pueden codificar cantidades de cambio o tiempo transcurrido, dependiendo del método, y los dos no deben confundirse al leer un árbol.
Clinical relevance
La lectura y el enraizamiento correctos de los árboles son esenciales al interpretar árboles de transmisión de patógenos, fechar brotes e identificar los parientes más cercanos de organismos de interés médico o agrícola.
History
A medida que la filogenética computacional maduró, se hizo necesario un vocabulario preciso y compartido para las partes del árbol y un tratamiento claro del enraizamiento; el enraizamiento por grupo externo, formalizado dentro del marco cladístico, sigue siendo el enfoque estándar para orientar los árboles.
Debates
- Elección del método de enraizamiento
- El enraizamiento por grupo externo depende de la selección de un grupo externo apropiado y no demasiado distante, mientras que el enraizamiento por punto medio y por reloj molecular hacen suposiciones sobre la constancia de la tasa; la mejor elección depende de los datos y a veces es objeto de debate.
Key figures
- Willi Hennig
- Joseph Felsenstein
Related topics
Seminal works
- hennig1966
- wiley2011
- felsenstein2004
Frequently asked questions
- ¿Por qué muchos métodos filogenéticos producen árboles no enraizados?
- Los métodos estándar de distancia y verosimilitud estiman las relaciones de forma simétrica y no pueden por sí mismos determinar qué linaje es el más antiguo, por lo que se necesita un criterio externo, como un grupo externo, para enraizar el árbol.
- ¿Las ramas más largas siempre significan más tiempo?
- No necesariamente; la longitud de la rama puede representar la cantidad de cambio de caracteres en lugar del tiempo transcurrido, a menos que el árbol se produzca bajo un modelo de reloj o calibrado en el tiempo.