Diagnóstico Molecular Fúngico y Parasitario

El diagnóstico molecular fúngico y parasitario aplica métodos basados en ácidos nucleicos para detectar e identificar hongos y parásitos que a menudo son de crecimiento lento, difíciles de cultivar o complicados de reconocer mediante microscopía. Los marcadores de secuencia y los ensayos de amplificación amplían el alcance diagnóstico donde los métodos convencionales son limitados.

Definition

El diagnóstico molecular fúngico y parasitario es el uso de métodos moleculares —amplificación, hibridación y secuenciación de regiones marcadoras— para detectar e identificar hongos y parásitos en muestras clínicas o aislados.

Scope

El tema abarca la codificación de barras de ADN (DNA barcoding) de hongos (especialmente la región espaciadora transcrita interna), la detección de patógenos fúngicos y parasitarios basada en PCR, y las fortalezas y limitaciones de estos métodos en relación con el cultivo y la microscopía. Se enmarca como un tema de laboratorio y referencia sin orientación sobre tratamiento o dosificación.

Core questions

• ¿Qué organismo fúngico o parasitario está presente y qué región marcadora lo identifica mejor?
• ¿Cómo se comparan los métodos moleculares con la microscopía y el cultivo en términos de sensibilidad y especificidad?
• ¿Cuándo los ensayos moleculares independientes del cultivo añaden valor diagnóstico?

Key concepts

• Región ITS como marcador de código de barras fúngico
• Detección de patógenos basada en PCR
• Sondas de ADN
• Paneles moleculares multiplex
• Diagnóstico independiente del cultivo
• Selección de marcadores y bases de datos de referencia

Mechanisms

Para los hongos, la región espaciadora transcrita interna (ITS) ribosomal nuclear sirve como un código de barras universal ampliamente adoptado que, al ser secuenciado y comparado con bases de datos de referencia, identifica la mayoría de los hongos a nivel de género o especie (Schoch et al., 2012). Los ensayos basados en PCR amplifican dianas específicas del organismo para detectar hongos directamente en material clínico, lo que puede ser valioso para enfermedades invasivas donde el cultivo es lento o poco sensible, aunque su preparación clínica varía según el entorno (Nguyen & Clancy, 2018). Para los parásitos, las sondas de ADN y la PCR se establecieron tempranamente como alternativas más sensibles a algunos métodos convencionales (Weiss, 1995), y los ensayos basados en PCR y multiplex se aplican ahora para detectar y diferenciar parásitos intestinales y otros en el laboratorio clínico (Verweij & Stensvold, 2014).

Clinical relevance

Los diagnósticos moleculares fúngicos y parasitarios describen cómo los laboratorios detectan e identifican organismos que el cultivo y la microscopía podrían pasar por alto, informando la notificación diagnóstica y la vigilancia. El tema explica cómo se genera esta evidencia y no constituye una base para decisiones individuales de diagnóstico o tratamiento.

Epidemiology

La detección molecular ha mejorado el reconocimiento y la diferenciación de infecciones fúngicas y parasitarias, particularmente para organismos que son difíciles de cultivar o de distinguir morfológicamente, apoyando una evaluación más precisa a nivel poblacional de su ocurrencia (Verweij & Stensvold, 2014; Weiss, 1995).

Evidence & guidelines

La identificación fúngica basada en marcadores se apoya en el trabajo de consorcios que establecieron la región ITS como un código de barras universal (Schoch et al., 2012), mientras que las revisiones resumen el rendimiento clínico y las limitaciones de los ensayos fúngicos y parasitarios basados en PCR (Nguyen & Clancy, 2018; Verweij & Stensvold, 2014). Los estándares específicos de los ensayos son establecidos por organismos profesionales y fabricantes y no se reproducen aquí.

History

Los métodos moleculares se introdujeron en la micología y la parasitología a medida que la detección basada en PCR y sondas demostró una mayor sensibilidad que algunas técnicas tradicionales (Weiss, 1995). La adopción formal de la región ITS como un código de barras fúngico universal estandarizó la identificación molecular de hongos (Schoch et al., 2012), y los ensayos parasitológicos basados en PCR se incorporaron progresivamente a los laboratorios clínicos de rutina (Verweij & Stensvold, 2014).

Debates

¿Están los ensayos moleculares fúngicos listos para reemplazar el diagnóstico convencional?

Los ensayos fúngicos basados en PCR pueden añadir sensibilidad y rapidez para enfermedades invasivas, pero la variabilidad en la estandarización y la validación clínica significa que a menudo se utilizan para complementar, en lugar de reemplazar, el cultivo y las pruebas de antígenos.

Seminal works

• schoch-2012
• weiss-1995
• verweij-2014

Frequently asked questions

¿Por qué se utiliza la región ITS para identificar hongos?

La región espaciadora transcrita interna combina suficiente conservación para ser amplificada en todos los hongos con suficiente variabilidad para distinguir muchas especies, lo que llevó a su adopción como un código de barras de ADN fúngico universal.

¿Los métodos moleculares reemplazan la microscopía y el cultivo para parásitos?

Los métodos moleculares a menudo añaden sensibilidad y la capacidad de diferenciar especies, pero se utilizan comúnmente junto con la microscopía y otros métodos, en lugar de como un reemplazo completo, dependiendo del organismo y el contexto clínico.