Einzelzell-Kopienzahlvariationsanalyse
Die Einzelzell-Kopienzahlvariationsanalyse (scCNV-Analyse) detektiert Gewinne und Verluste genomischer Segmente innerhalb einzelner Zellen. Dies ermöglicht Forschenden, die Intratumorheterogenität aufzulösen, die klonale Evolution zu rekonstruieren und maligne von normalen Zellen mit Einzelzellauflösung zu unterscheiden. Sie kann direkt auf Einzelzell-Gesamtgenomsequenzierungsdaten angewendet oder aus Read-Depth-Signalen in scRNA-seq- oder scATAC-seq-Experimenten abgeleitet werden.
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Quellen
- Garvin, T., Aboukhalil, R., Kendall, J., Baslan, T., Atwal, G. S., Hicks, J., Wigler, M., & Schatz, M. C. (2015). Interactive analysis and assessment of single-cell copy-number variations. Nature Methods, 12(11), 1058–1060. link ↗
- Gao, R., Bai, S., Henderson, Y. C., Lin, Y., Schalck, A., Yan, Y., Kumar, T., Hu, M., Sei, E., Davis, A., Wang, F., Shaitelman, S. F., Wang, J. R., Chen, K., Moulder, S., Lai, S. Y., & Navin, N. E. (2021). Delineating copy number and clonal substructure in human tumors from single-cell transcriptomes. Nature Biotechnology, 39(5), 599–608. link ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Copy Number Variation Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/single-cell-copy-number-variation-analysis
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