Jednorozměrná analýza obohacení genových sad — scGSEA
Jednorozměrná analýza obohacení genových sad (scGSEA) rozšiřuje klasickou GSEA pro hromadná data na rozlišení jednotlivých buněk. Místo testování, zda je genová sada obohacena v porovnání na úrovni vzorku, scGSEA přiřazuje skóre obohacení nebo aktivity každé buňce, což výzkumníkům umožňuje mapovat aktivitu drah napříč heterogenními populacemi buněk, buněčnými stavy a vývojovými trajektoriemi zachycenými v jednorozměrných datech RNA-seq.
Přečíst celou metodu
Pro přečtení této sekce se přihlaste s bezplatným účtem.
Mapa metod
Okolí příbuzných metod — vyberte uzel, který chcete prozkoumat.
Zdroje
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
Jak citovat tuto stránku
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/cs/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
Která metoda?
Postavte tuto metodu vedle jejích nejbližších příbuzných a čtěte je vedle sebe — knihovna položí knihy na stůl; volba je na vás.
- Analýza obohacení genových sad (GSEA)Bioinformatika↔ porovnat
- Analýza obohacení drahBioinformatika↔ porovnat
- Analýza diferenciální exprese RNA-seqBioinformatika↔ porovnat
- Analýza jednobuněčné RNA-seqBioinformatika↔ porovnat
- Analýza diferenciální exprese genů v jednobuněčné RNA sekvenaciBioinformatika↔ porovnat
Odkazuje sem
Similar methods
Našli jste na této stránce chybu? Nahlaste ji nebo navrhněte opravu →