古代病原体基因组学
古代病原体基因组学从骨骼和其他遗骸中恢复微生物基因组，揭示了鼠疫、结核病和麻风病等过去流行病的身份、年代和演变。
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Definition
从考古遗骸中恢复和分析病原体基因组，用于识别过去的感染、确定其出现年代，并重建传染病的进化史和传播。
Scope
本主题涵盖了从考古人类遗骸中检测和重建病原体基因组：富集和测序微生物DNA，确认骨骼病变所怀疑的诊断，确定疾病的出现年代，以及重建鼠疫耶尔森菌等病原体的系统发育和传播。它连接了古病理学、考古遗传学和传染病史。
Core questions
- 如何从古代遗骸中检测和重建病原体基因组？
- 基因组证据如何证实或修正古病理学诊断？
- 主要人类病原体何时出现以及它们如何传播？
- 古代病原体进化揭示了毒力和宿主适应性方面的哪些信息？
Key theories
- 历史流行病的基因组确认
- 从受害者（例如黑死病墓葬中的鼠疫耶尔森菌）重建病原体基因组，为过去流行病的病原体提供了直接的分子确认，并锚定了它们的系统发育。
- 疾病的深时系统发育学
- 使用有年代的古代基因组作为校准点，重建病原体何时出现、多样化和传播，从而完善分子钟和传染病的进化史。
History
早期对结核病等病原体的分子检测使用靶向PCR，但该领域在2011年左右通过基因组规模的工作发生了转变，始于黑死病鼠疫基因组的重建。随后的研究重建了鼠疫、麻风病、结核病和其他病原体的古代基因组，正如Spyrou及其同事所综述的。
Debates
- 古代病原体鉴定的可靠性和解释
- 如何防范环境微生物造成的假阳性病原体检测，以及考虑到保存不均和宏基因组筛选的局限性，如何解释预期病原体DNA的缺失。
Key figures
- Kirsten I. Bos
- Maria A. Spyrou
- Johannes Krause
- Christina Warinner
Related topics
Seminal works
- bosetal2011
- spyrouetal2019
- orlandoetal2021
Frequently asked questions
- 几个世纪前的微生物如何进行测序？
- 病原体DNA可以存活在受感染个体的牙齿和骨骼中，通过富集和测序这些材料，研究人员可以重建微生物基因组，就像对黑死病鼠疫杆菌所做的那样。
- 古代病原体DNA对古病理学有何补充？
- 它可以确认是哪种微生物导致了骨骼上的病变，检测那些不留下骨骼痕迹的感染，并揭示疾病如何随时间演变和传播。