Thu thập mẫu bệnh phẩm và xác nhận trong phòng thí nghiệm

Xác nhận trong phòng thí nghiệm là yếu tố then chốt trong điều tra dịch bệnh, giúp xác định tác nhân gây bệnh và những trường hợp mắc bệnh thực sự. Quá trình này bắt đầu bằng việc thu thập đúng mẫu bệnh phẩm lâm sàng hoặc môi trường, vào đúng thời điểm, từ đúng đối tượng, và tiếp tục qua các bước vận chuyển, xét nghiệm, định type trong phòng thí nghiệm, cuối cùng phân biệt các trường hợp xác định với những trường hợp chỉ phù hợp với mô tả lâm sàng.

Definition

Thu thập mẫu bệnh phẩm và xác nhận trong phòng thí nghiệm là quá trình lấy, vận chuyển và xét nghiệm các mẫu lâm sàng hoặc môi trường để xác định và mô tả đặc điểm tác nhân gây bệnh của một đợt bùng phát, cho phép xác nhận chẩn đoán, phân loại ca bệnh và liên kết các ca bệnh trong phòng thí nghiệm.

Scope

Chủ đề này bao gồm lý do và cách thức thu thập mẫu bệnh phẩm trong quá trình điều tra, vai trò của phòng thí nghiệm trong việc xác minh chẩn đoán và tinh chỉnh định nghĩa ca bệnh thành các cấp độ xác định, có thể và nghi ngờ, cũng như việc sử dụng định type trong phòng thí nghiệm và giải trình tự gen để liên kết các ca bệnh. Đây là nội dung mang tính khái niệm và phương pháp luận. Nó không cung cấp các quy trình xử lý mẫu bệnh phẩm, ngưỡng xét nghiệm hoặc quy trình an toàn sinh học cho bất kỳ tác nhân gây bệnh cụ thể nào, những điều này được quy định bởi hướng dẫn của phòng thí nghiệm và y tế công cộng.

Core questions

• Mẫu bệnh phẩm nào, từ ai và vào thời điểm nào của bệnh sẽ xác định tác nhân gây bệnh tốt nhất?
• Mẫu bệnh phẩm được thu thập, vận chuyển và xét nghiệm như thế nào để kết quả có giá trị?
• Xác nhận trong phòng thí nghiệm định nghĩa các loại ca bệnh xác định, có thể và nghi ngờ như thế nào?
• Định type trong phòng thí nghiệm hoặc giải trình tự bộ gen có thể liên kết các ca bệnh với nhau và với một nguồn như thế nào?

Key concepts

• Mẫu bệnh phẩm lâm sàng và môi trường
• Thời điểm thu thập so với diễn biến bệnh
• Vận chuyển mẫu bệnh phẩm và chuỗi giám sát
• Các loại ca bệnh xác định, có thể và nghi ngờ
• Độ nhạy và độ đặc hiệu của xét nghiệm chẩn đoán
• Định type và phân type trong phòng thí nghiệm
• Giải trình tự toàn bộ bộ gen để liên kết ca bệnh

Mechanisms

Các mẫu bệnh phẩm phù hợp, chẳng hạn như mẫu hô hấp, phân, máu hoặc thực phẩm và nước bị nghi ngờ, được thu thập từ đủ số lượng ca bệnh, lý tưởng nhất là trước khi điều trị làm thay đổi kết quả, và được vận chuyển trong điều kiện bảo quản tác nhân gây bệnh với quy trình xử lý được ghi chép lại. Sau đó, phòng thí nghiệm phát hiện và xác định tác nhân gây bệnh, và những kết quả này làm sắc nét định nghĩa ca bệnh thành các cấp độ: một ca bệnh xác định đáp ứng tiêu chí phòng thí nghiệm, trong khi các ca bệnh có thể và nghi ngờ dựa trên các đặc điểm lâm sàng hoặc dịch tễ học. Phân type phụ và giải trình tự toàn bộ bộ gen tiếp tục xác định liệu các ca bệnh có cùng một chủng hay không, điều này hỗ trợ hoặc bác bỏ mối liên hệ dịch tễ học của chúng và giúp liên kết các ca bệnh với một nguồn chung. Giá trị diễn giải của bất kỳ kết quả nào phụ thuộc vào độ nhạy và độ đặc hiệu của xét nghiệm.

Clinical relevance

Các bác sĩ lâm sàng và nhân viên phòng thí nghiệm thu thập mẫu bệnh phẩm và tạo ra các kết quả xác nhận tác nhân gây bệnh của một đợt bùng phát và phân loại các ca bệnh của nó, do đó chất lượng và thời gian thu thập ảnh hưởng trực tiếp đến cuộc điều tra. Hiểu biết về xác nhận trong phòng thí nghiệm giúp các chuyên gia y tế diễn giải lý do tại sao một ca bệnh được phân loại là xác định chứ không phải nghi ngờ. Mục này mô tả vai trò của xác nhận trong phòng thí nghiệm trong các cuộc điều tra và không phải là một quy trình xử lý mẫu bệnh phẩm, an toàn sinh học hoặc chẩn đoán cho bất kỳ tác nhân gây bệnh cụ thể nào.

Epidemiology

Xác nhận trong phòng thí nghiệm là yếu tố trung tâm để nhận ra SARS là một bệnh mới riêng biệt vào năm 2003, nơi đặc điểm lâm sàng và phòng thí nghiệm đã định nghĩa hội chứng và các ca bệnh của nó. Rộng hơn, việc tích hợp giải trình tự bộ gen tác nhân gây bệnh với dữ liệu dịch tễ học đã trở thành một cách tiêu chuẩn để xác nhận tác nhân và liên kết các ca bệnh trong điều tra dịch bệnh, tăng cường cả phân loại ca bệnh và xác định nguồn gốc.

History

Vi khuẩn học vào cuối thế kỷ XIX lần đầu tiên cho phép các đợt bùng phát được liên kết với các sinh vật được xác định cụ thể, và dịch tễ học thực địa thế kỷ XX đã đưa xác nhận trong phòng thí nghiệm vào các định nghĩa ca bệnh theo cấp độ xác định, có thể và nghi ngờ. Phân type phân tử và gần đây hơn là giải trình tự toàn bộ bộ gen đã mở rộng vai trò của phòng thí nghiệm từ việc gọi tên tác nhân đến việc xác định những ca bệnh nào có liên quan, tích hợp bằng chứng phòng thí nghiệm và dịch tễ học.

Debates

Các định nghĩa ca bệnh nên cân bằng xác nhận trong phòng thí nghiệm với độ nhạy như thế nào?

Yêu cầu xác nhận trong phòng thí nghiệm làm tăng độ đặc hiệu nhưng có thể bỏ sót các ca bệnh thực sự không có kết quả xét nghiệm dương tính, trong khi các định nghĩa lâm sàng rộng hơn thu nhận nhiều ca bệnh hơn nhưng có thể bao gồm các trường hợp không phải là ca bệnh; do đó, các cuộc điều tra sử dụng các định nghĩa theo cấp độ và điều chỉnh chúng khi năng lực xét nghiệm và nhu cầu của cuộc điều tra phát triển.

Key figures

• Michael Gregg
• Yonatan Grad
• Marc Lipsitch

Seminal works

• lee-2003
• grad-lipsitch-2014

Frequently asked questions

Tại sao các ca bệnh được phân loại là xác định, có thể hoặc nghi ngờ?

Các định nghĩa ca bệnh theo cấp độ cho phép một cuộc điều tra cân bằng giữa độ chính xác và tính đầy đủ: các ca bệnh xác định đáp ứng tiêu chí phòng thí nghiệm và có độ đặc hiệu cao nhất, trong khi các loại có thể và nghi ngờ bao gồm các ca bệnh tương thích về mặt lâm sàng hoặc dịch tễ học nhưng thiếu xác nhận trong phòng thí nghiệm, để không bỏ sót các ca bệnh thực sự ngay từ đầu.

Giải trình tự bộ gen giúp xác nhận một đợt bùng phát như thế nào?

Ngoài việc gọi tên tác nhân gây bệnh, giải trình tự so sánh bộ gen của các chủng phân lập từ các ca bệnh khác nhau; các trình tự có mối quan hệ gần gũi hỗ trợ kết luận rằng các ca bệnh là một phần của cùng một đợt bùng phát và có thể có chung một nguồn, bổ sung cho bằng chứng dịch tễ học.