Bilgi Gösterimi ve Klinik Ontolojiler
Bilgi gösterimi, klinik bilişimin, tıbbi anlamı bilgisayarların depolayabileceği, paylaşabileceği ve üzerinde akıl yürütebileceği bir biçimde kodlamasıyla ilgilenen bir alanıdır. Kontrollü terminolojiler ve ontolojiler, klinik verilerin ve karar destek mantığının aynı şeylere net bir şekilde atıfta bulunmasını sağlayan resmi sözlükleri, kavramları ve ilişkileri sunarak birlikte çalışabilirliği ve otomatik akıl yürütmeyi desteklemektedir.
Tanım
Klinik bilişimde bilgi gösterimi, klinik anlamın yazılım tarafından işlenebilmesi için kontrollü sözlükler ve ontolojiler gibi resmi yapıların kavramları ve aralarındaki ilişkileri yakalamak amacıyla kullanılmasıdır; bir ontoloji ise, bir alanın paylaşılan bir kavramsallaştırmasının açık, resmi bir spesifikasyonudur.
Kapsam
Bu madde, sağlık hizmetlerinde kullanılan kontrollü sözlükleri, terminolojileri ve ontolojileri; basit bir kod listesi ile tanımlanmış kavramlar ve ilişkiler içeren bir tanımlama mantığı ontolojisi arasındaki farkı; SNOMED CT, UMLS Metathesaurus ve LOINC gibi başlıca kaynakları; ve bu yapıların birlikte çalışabilirlik ve karar desteğindeki rolünü kapsamaktadır. Klinik öneriler sunmaktan ziyade, klinik bilginin nasıl yapılandırıldığını açıklayan metodolojik ve altyapısal bir konudur.
Anahtar kavramlar
- Kontrollü sözlük ve terminoloji
- Ontoloji ve kavram hiyerarşisi
- Tanımlama mantığı ve resmi semantik
- SNOMED CT, LOINC ve RxNorm
- Birleşik Tıbbi Dil Sistemi (UMLS) Metathesaurus
- Anlamsal birlikte çalışabilirlik
- Kavram eşleme ve terminoloji bağlama
- Sonradan koordinasyon ve bileşimsel ifade
Mekanizmalar
Terminolojiler, klinik kavramlara kararlı tanımlayıcılar atamakta ve bunları hiyerarşiler halinde düzenlemektedir; ontolojiler ise otomatik sınıflandırma ve akıl yürütmeyi destekleyen resmi olarak tanımlanmış ilişkiler (örneğin 'is-a' ve 'part-of') eklemektedir. UMLS gibi kaynakların entegrasyonu, birçok kaynak sözlüğü ortak bir Metathesaurus ve anlamsal ağ aracılığıyla birbirine bağlayarak eş anlamlıların ve sözlükler arası eşdeğerliklerin çözülmesini sağlamaktadır (Bodenreider, 2004). Gen Ontolojisi, moleküler biyolojide, paylaşılan yapılandırılmış bir sözlüğün veritabanları arasındaki açıklama birliğini nasıl sağlayabileceğini göstermiş, bu model biyomedikal ontoloji pratiğini geniş ölçüde etkilemiştir (Ashburner, 2000). Standart tabanlı arayüzler daha sonra kodlanmış verilerin ve karar mantığının sistemler arasında birlikte çalışmasına olanak tanımaktadır (Mandel, 2016).
Klinik önem
Kodlanmış terminolojiler, problem listelerinin, laboratuvar sonuçlarının, ilaç kayıtlarının ve karar destek sistemlerinin değerlendirdiği kuralların temelini oluşturmaktadır; bu nedenle bilgi gösteriminin kalitesi, verilerin güvenilir bir şekilde toplanıp toplanamayacağını, değiş tokuş edilip edilemeyeceğini ve üzerinde işlem yapılıp yapılamayacağını etkilemektedir. Bu madde, kodlanmış klinik verilerin arkasındaki yapıları açıklamaktadır; herhangi bir bireysel vaka için klinik anlamı tanımlamamaktadır veya tedavi rehberliği sağlamamaktadır.
Kanıt ve kılavuzlar
Bilgi gösterimi, klinik sonuç denemelerinden ziyade büyük ölçüde standartlar ve altyapı meselesidir. Temel kaynaklar, birincil yayınlarında açıklanmaktadır: UMLS birçok sözlük üzerinde entegre edici bir katman olarak (Bodenreider, 2004) ve Gen Ontolojisi birleştirici yapılandırılmış bir sözlük olarak (Ashburner, 2000). SMART on FHIR gibi birlikte çalışabilirlik standartları, kodlanmış verilerin ve uygulamaların platformlar arasında bilgiyi nasıl değiş tokuş ettiğini tanımlamaktadır (Mandel, 2016).
Tarihçe
Kontrollü tıbbi sözlükler, erken dönem nomenklatürlerden MeSH'e ve SNOMED'in gelişimine kadar onlarca yıl öncesine dayanmaktadır. 1990'larda UMLS, farklı sözlükleri entegre etmiştir ve 2000'li yıllarda, Gen Ontolojisi ile örneklendirilen resmi ontolojiler, tanımlama mantığı semantiğini biyomedikal bilgiye taşımıştır. Sonraki standart çalışmaları, kodlanmış bilginin kurumlar ve sistemler arasında hareket edebilmesi için birlikte çalışabilirliğe odaklanmıştır.
Tartışmalar
- Bir klinik terminoloji ne kadar açıklayıcı olmalıdır?
- Yüksek derecede açıklayıcı, sonradan koordine edilmiş ontolojiler nüansları yakalamakla birlikte, oluşturulması, sürdürülmesi ve tutarlı bir şekilde kullanılması daha zordur; daha basit numaralandırılmış kod listeleri ise uygulanması daha kolaydır ancak anlam kaybına yol açabilmektedir; açıklayıcılık ve kullanılabilirlik arasındaki denge tartışmalı olmaya devam etmektedir.
Öne çıkan isimler
- Olivier Bodenreider
- Mark A. Musen
- Christopher G. Chute
- Michael Ashburner
İlgili konular
Temel eserler
- bodenreider-2004
- ashburner-2000
Sıkça sorulan sorular
- Bir terminoloji ile bir ontoloji arasındaki fark nedir?
- Bir terminoloji öncelikli olarak adlandırılmış kavramların kontrollü bir listesidir ve genellikle hiyerarşik olarak düzenlenmektedir; oysa bir ontoloji, yazılımın kavramları otomatik olarak sınıflandırmasına ve üzerinde akıl yürütmesine olanak tanıyan resmi olarak tanımlanmış ilişkiler ve mantıksal semantikler eklemektedir.
- Klinik ontolojiler karar desteği için neden önemlidir?
- Karar destek kuralları ve hasta verileri, birlikte çalışabilmek için aynı kavramlara atıfta bulunmalıdır; paylaşılan ontolojiler ve terminolojiler, onlara taşınabilir, güvenilir destek için bir ön koşul olan ortak, makine tarafından okunabilir bir sözlük sağlamaktadır.