Pretraga HMMER profila
HMMER pretraga profila identifikuje udaljene homologe proteinskih sekvenci koristeći probabilističke modele proteinskih familija, poznate kao skriveni Markovskovi modeli profila (HMM). Razvijena od strane Eddy-ja i saradnika, ova metoda obuhvata obrasce varijacije sekvenci unutar proteinskih familija i detektuje homologe sa daleko većom osetljivošću nego matriksama težinskih pozicija ili uporednim poravnanjem.
Pročitajte celu metodu
Prijavite se besplatnim nalogom da biste pročitali ovaj odeljak.
Mapa metoda
Okruženje srodnih metoda — izaberite čvor da biste istraživali.
Izvori
- Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1104 ↗
- Eddy, S. R. (1998). Profile hidden Markov models. Bioinformatics, 14(9), 755-763. DOI: 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ↗
- Finn, R. D., Clements, J., & Eddy, S. R. (2011). HMMER web server: interactive sequence similarity searching. Nucleic Acids Research, 39(Web Server issue), W29-W37. DOI: 10.1093/nar/gkr367 ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). Hidden Markov Model Profile Search for Sequence Homology. ScholarGate. https://scholargate.app/sr/bioinformatics/hmmer-profile-search
Koja metoda?
Postavite ovu metodu pored njoj najbližih srodnika i čitajte ih uporedo — biblioteka polaže knjige na sto; izbor je na vama.
- Rekonstrukcija u krio-EM-uBioinformatika↔ uporedi
- Metagenomic BinningBioinformatika↔ uporedi
- Molekulsko spajanjeBioinformatika↔ uporedi
Citirana u
Uočili ste grešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravku →