De Novo asembliranje transkriptoma
De novo asembliranje transkriptoma rekonstruiše sekvence informacione RNK pune dužine direktno iz sekvenciranih očitavanja, bez potrebe za referentnim genomom. Pionirski rad Regeva, Hasa i kolega omogućio je otkrivanje transkripata kod ne-model organizama i detekciju novih izoformi, fuzionih gena i splajs varijanti.
Pročitajte celu metodu
Prijavite se besplatnim nalogom da biste pročitali ovaj odeljak.
Mapa metoda
Okruženje srodnih metoda — izaberite čvor da biste istraživali.
Izvori
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/sr/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Koja metoda?
Postavite ovu metodu pored njoj najbližih srodnika i čitajte ih uporedo — biblioteka polaže knjige na sto; izbor je na vama.
- Analiza CRISPR skriningaBioinformatika↔ uporedi
- Pretraga HMMER profilaBioinformatika↔ uporedi
- Metagenomic BinningBioinformatika↔ uporedi
Citirana u
Uočili ste grešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravku →