Metagenomic Binning
Metagenomic binning podeljuje sklopljene fragmente (kontige) iz kompleksnih mikrobioloških zajednica na zasebne grupe genoma (binove), gde svaka grupa predstavlja pojedinačni organizam ili soj. Ovaj postupak, koji su pionirski razvili Banfield i saradnici, izoluje genome pojedinačnih organizama (genome sastavljene iz metagenoma ili MAGs) iz uzoraka životne sredine bez potrebe za kultivisanim izolatima.
Pročitajte celu metodu
Prijavite se besplatnim nalogom da biste pročitali ovaj odeljak.
Mapa metoda
Okruženje srodnih metoda — izaberite čvor da biste istraživali.
Izvori
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/sr/bioinformatics/metagenomic-binning
Koja metoda?
Postavite ovu metodu pored njoj najbližih srodnika i čitajte ih uporedo — biblioteka polaže knjige na sto; izbor je na vama.
- Analiza CRISPR skriningaBioinformatika↔ uporedi
- De Novo asembliranje transkriptomaBioinformatika↔ uporedi
- Pretraga HMMER profilaBioinformatika↔ uporedi
Citirana u
Uočili ste grešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravku →