Микологическая диагностика и лабораторные методы
Микологическая диагностика — это лабораторная дисциплина, которая занимается обнаружением, идентификацией и характеристикой грибов, вызывающих заболевания у человека. Она охватывает как классические методы, такие как культуральное исследование и микроскопия, так и иммунологические анализы на антигены и антитела, а также молекулярные методы, включая ПЦР и секвенирование ДНК, объединяя их для подтверждения или исключения грибковой инфекции и определения возбудителя.
Definition
Микологическая диагностика и лабораторные методы — это методы и процедуры, используемые в клинической лаборатории для выделения, визуализации, идентификации и иной характеристики медицински значимых грибов из образцов пациентов, включая фенотипические, иммунологические и молекулярные подходы.
Scope
Эта область знакомит читателя с основными группами лабораторных методов, используемых в медицинской микологии: выращивание грибов в культуре и их изоляция, изучение и окрашивание под микроскопом, амплификация и секвенирование их нуклеиновых кислот, обнаружение их антигенов и антител хозяина, а также измерение биомаркеров и характеристик, связанных с биопленками. Она рассматривает их как диагностическую методологию, а не как руководство по лечению, и отсылает к специализированным тематическим узлам для получения подробной информации.
Sub-topics
Core questions
- Присутствует ли грибок в этом образце, и является ли он контаминантом или истинным патогеном?
- Какой род или вид является возбудителем, и насколько уверенно его можно назвать?
- Какая комбинация культуральных, микроскопических, антигенных и молекулярных методов наилучшим образом соответствует клиническому вопросу и типу образца?
- Как интерпретируются положительные и отрицательные лабораторные данные в рамках стандартизированных определений инвазивных грибковых заболеваний?
Key concepts
- Фенотипическая против молекулярной идентификации
- Прямое обнаружение против культурального выделения
- Чувствительность и специфичность грибковых анализов
- Доказанное, вероятное и возможное инвазивное грибковое заболевание
- Качество образца и контроль контаминации
- Полифазная идентификация
Mechanisms
Лабораторная микология сочетает в себе взаимодополняющие сигналы. Культуральное исследование позволяет выделить жизнеспособные организмы, провести морфологическую идентификацию и тестирование чувствительности, но часто является медленным и малочувствительным для инвазивных заболеваний. Микроскопия и гистопатология позволяют непосредственно визуализировать грибковые элементы в образцах, предоставляя быстрые доказательства инвазии тканей. Анализы на антигены и серология выявляют компоненты клеточной стенки грибов или реакции антител хозяина без необходимости роста. Молекулярные методы амплифицируют и секвенируют консервативную или видоспецифическую ДНК, а масс-спектрометрия профилирует белки, обеспечивая быструю и точную идентификацию. Современная диагностика является полифазной, интегрируя несколько из этих методов, а стандартизированные консенсусные определения уточняют, как результаты объединяются в категории инвазивных грибковых заболеваний.
Clinical relevance
Сгруппированные здесь методы генерируют доказательства, на основании которых грибковые инфекции распознаются и классифицируются в клинической практике и исследованиях. Понимание их сильных сторон и ограничений помогает в оценке диагностических отчетов и данных исследований. Эта запись представляет собой описательный справочный материал о том, как устанавливаются грибковые диагнозы, и не является протоколом для тестирования, назначения лечения или ведения отдельных пациентов.
Evidence & guidelines
Консенсусные определения EORTC и Консорциума по образованию и исследованиям Группы по изучению микозов стандартизируют объединение микологических и клинических данных в категории инвазивных грибковых заболеваний, предоставляя общую основу для диагностики и исследований. Справочные тексты, такие как «Атлас клинических грибов», каталогизируют морфологические признаки, используемые при фенотипической идентификации, в то время как обзоры гистопатологии и масс-спектрометрии документируют роль новых методов идентификации.
History
Диагностическая микология развивалась из культуральных и микроскопических методов XIX и XX веков, при которых грибы выделялись на селективных средах и идентифицировались по морфологии колоний и микроскопическим признакам. В конце XX века появились иммуноферментные анализы на грибковые антигены и антитела хозяина, а развитие ПЦР, секвенирования ДНК рибосомальных областей и масс-спектрометрии MALDI-TOF трансформировало идентификацию в сторону молекулярной и протеомной точности, в то время как консенсусные определения стандартизировали интерпретацию.
Related topics
Seminal works
- donnelly-2020
- guarner-2011
- dehoog-2020
Frequently asked questions
- Почему для диагностики грибковой инфекции используются несколько различных методов?
- Ни один метод не является одновременно быстрым и надежным для любой ситуации. Культуральное исследование, микроскопия, анализы на антигены и молекулярные тесты каждый выявляют различные аспекты грибка, поэтому их комбинация повышает вероятность правильного и своевременного диагноза.
- В чем разница между обнаружением грибка и его идентификацией?
- Обнаружение устанавливает присутствие грибка, например, путем визуализации грибковых элементов или выявления антигена. Идентификация называет род или вид, что обычно требует культуральной морфологии, секвенирования или масс-спектрометрии.