Посев и выделение грибов

Посев грибов — это практика выращивания грибов из образца пациента на искусственных питательных средах с целью получения жизнеспособного организма для последующего изучения, идентификации и тестирования. Несмотря на более длительное время получения результатов по сравнению с методами прямого обнаружения, посев остается эталонным стандартом, поскольку он позволяет получить живой изолят для окончательной видовой идентификации и тестирования чувствительности к противогрибковым препаратам.

Definition

Посев и выделение грибов — это совокупность лабораторных методов, позволяющих получить жизнеспособные грибы из клинического материала путем инокуляции селективных или обогащенных сред в условиях, благоприятствующих росту грибов, что приводит к получению чистого изолята для дальнейшей идентификации и тестирования.

Scope

Эта тема охватывает принципы выделения грибов из клинических образцов: селективные и обогащенные среды, условия инкубации, различие между дрожжами и плесневыми грибами в культуре, а также то, как чистый изолят способствует идентификации по морфологии, масс-спектрометрии или секвенированию. Она рассматривает посев как лабораторный метод и не содержит протоколов сбора образцов или рекомендаций по лечению.

Core questions

• Какие среды и условия инкубации лучше всего подходят для выделения гриба, подозреваемого в данном образце?
• Как отличить клинически значимый изолят от контаминации окружающей среды?
• Когда идентификация, основанная на культуре, требует подтверждения секвенированием или масс-спектрометрией?
• Каковы пределы чувствительности культуры при инвазивных грибковых заболеваниях?

Key concepts

• Селективные и обогащенные среды (например, агар Сабуро)
• Рост дрожжей в сравнении с плесневыми грибами
• Температура и время инкубации
• Чистый изолят и субкультура
• Контаминация в сравнении с истинным патогеном
• Культура как субстрат для тестирования чувствительности
• Полифазная идентификация изолята

Mechanisms

Образцы инокулируют на среды, разработанные для поддержания роста грибов при подавлении конкурирующих бактерий, классически — агар Сабуро с декстрозой, иногда с антибактериальными или селективными добавками. Чашки Петри и скошенные агары инкубируют, часто в течение длительного времени, поскольку многие грибы растут медленно, и при температурах, выбранных для выявления диморфизма или термотолерантности. Затем оценивают рост: дрожжи образуют пастообразные колонии, в то время как плесневые грибы образуют нитчатые, часто пигментированные колонии, макроскопическая и микроскопическая морфология которых служит ориентиром для идентификации. Чистый изолят, полученный при посеве, является субстратом, на котором виды подтверждаются по морфологии, масс-спектрометрии MALDI-TOF или секвенированию ДНК, и на котором измеряется чувствительность к противогрибковым препаратам. Поскольку жизнеспособные организмы могут быть немногочисленными, посев может быть нечувствительным при глубоких или пролеченных инфекциях, поэтому его интерпретируют в сочетании с прямыми и молекулярными методами.

Clinical relevance

Культура лежит в основе подтверждения и наименования многих патогенных грибов, а положительная культура из обычно стерильного участка имеет особое диагностическое значение в рамках консенсусных определений инвазивных грибковых заболеваний. Эта статья описывает метод и его интерпретационную ценность; это справочный материал о том, как получают изоляты, и не является руководством по обращению с образцами или ведению пациентов.

Evidence & guidelines

Рекомендации по передовой практике от Британского общества медицинской микологии и консенсусные определения EORTC/MSGERC описывают роль культуры среди диагностических методов, включая ее значимость при выделении грибов из стерильных участков и ее известную нечувствительность при некоторых инвазивных инфекциях. Справочные атласы каталогизируют колониальную и микроскопическую морфологию, используемую для идентификации изолятов.

History

Культура на определенных средах была основным инструментом медицинской микологии, а агар Сабуро с декстрозой, введенный в начале двадцатого века, стал стандартным субстратом для выделения и идентификации грибов. На протяжении большей части столетия идентификация основывалась на колониальной и микроскопической морфологии, считываемой с культуры, и только позже масс-спектрометрия и секвенирование добавили точности в идентификацию культивированного изолята.

Seminal works

• schelenz-2015
• dehoog-2020

Frequently asked questions

Почему посев грибов часто занимает так много времени?

Многие медицински значимые плесневые грибы и некоторые дрожжи растут медленно, поэтому культуры могут выдерживаться от нескольких дней до нескольких недель, чтобы обеспечить видимый рост и надежную идентификацию, что является одной из причин использования более быстрых прямых и молекулярных методов наряду с культурой.

Всегда ли положительный посев грибов означает инфекцию?

Не обязательно. Грибы распространены в окружающей среде и на поверхностях тела, поэтому положительный посев должен интерпретироваться в контексте; выделение из обычно стерильного участка гораздо более значимо, чем из контаминированного или колонизированного образца.