Diagnóstico Molecular de Fungos e Parasitas

O diagnóstico molecular de fungos e parasitas aplica métodos baseados em ácidos nucleicos para detectar e identificar fungos e parasitas que frequentemente apresentam crescimento lento, são difíceis de cultivar ou são de difícil reconhecimento por microscopia. Marcadores de sequência e ensaios de amplificação ampliam o alcance diagnóstico onde os métodos convencionais são limitados.

Definition

O diagnóstico molecular de fungos e parasitas é o uso de métodos moleculares — amplificação, hibridização e sequenciamento de regiões marcadoras — para detectar e identificar fungos e parasitas em amostras clínicas ou isolados.

Scope

O tópico abrange a codificação de barras de DNA de fungos (notavelmente a região espaçadora transcrita interna), a detecção de patógenos fúngicos e parasitários baseada em PCR, e as forças e limitações desses métodos em relação à cultura e microscopia. É enquadrado como um tópico de laboratório e referência, sem orientação de tratamento ou dosagem.

Core questions

• Qual organismo fúngico ou parasitário está presente e qual região marcadora o identifica melhor?
• Como os métodos moleculares se comparam à microscopia e à cultura em sensibilidade e especificidade?
• Quando os ensaios moleculares independentes de cultura agregam valor diagnóstico?

Key concepts

• Região ITS como marcador de código de barras fúngico
• Detecção de patógenos baseada em PCR
• Sondas de DNA
• Painéis moleculares multiplex
• Diagnóstico independente de cultura
• Seleção de marcadores e bancos de dados de referência

Mechanisms

Para fungos, a região espaçadora transcrita interna (ITS) ribossômica nuclear serve como um código de barras universal amplamente adotado que, quando sequenciado e comparado com bancos de dados de referência, identifica a maioria dos fungos ao nível de gênero ou espécie (Schoch et al., 2012). Ensaios baseados em PCR amplificam alvos específicos do organismo para detectar fungos diretamente em material clínico, o que pode ser valioso para doenças invasivas onde a cultura é lenta ou insensível, embora sua prontidão clínica varie de acordo com o ambiente (Nguyen & Clancy, 2018). Para parasitas, sondas de DNA e PCR foram estabelecidas precocemente como alternativas mais sensíveis a alguns métodos convencionais (Weiss, 1995), e ensaios baseados em PCR e multiplex são agora aplicados para detectar e diferenciar parasitas intestinais e outros em laboratórios clínicos (Verweij & Stensvold, 2014).

Clinical relevance

Os diagnósticos moleculares de fungos e parasitas descrevem como os laboratórios detectam e identificam organismos que a cultura e a microscopia podem não detectar, informando relatórios diagnósticos e vigilância. O tópico explica como essa evidência é gerada e não é uma base para decisões individuais de diagnóstico ou tratamento.

Epidemiology

A detecção molecular melhorou o reconhecimento e a diferenciação de infecções fúngicas e parasitárias, particularmente para organismos que são difíceis de cultivar ou de distinguir morfologicamente, apoiando uma avaliação mais precisa de sua ocorrência em nível populacional (Verweij & Stensvold, 2014; Weiss, 1995).

Evidence & guidelines

A identificação fúngica baseada em marcadores baseia-se no trabalho de consórcio que estabeleceu a região ITS como um código de barras universal (Schoch et al., 2012), enquanto revisões resumem o desempenho clínico e as limitações dos ensaios fúngicos e parasitários baseados em PCR (Nguyen & Clancy, 2018; Verweij & Stensvold, 2014). Padrões específicos de ensaio são estabelecidos por órgãos profissionais e fabricantes e não são reproduzidos aqui.

History

Os métodos moleculares entraram na micologia e parasitologia à medida que o PCR e a detecção baseada em sondas demonstraram maior sensibilidade do que algumas técnicas tradicionais (Weiss, 1995). A adoção formal da região ITS como um código de barras fúngico universal padronizou a identificação molecular de fungos (Schoch et al., 2012), e os ensaios parasitológicos baseados em PCR progressivamente passaram a ser utilizados em laboratórios clínicos de rotina (Verweij & Stensvold, 2014).

Debates

Os ensaios moleculares fúngicos estão prontos para substituir o diagnóstico convencional?

Ensaios fúngicos baseados em PCR podem adicionar sensibilidade e velocidade para doenças invasivas, mas a variabilidade na padronização e validação clínica significa que eles são frequentemente usados para complementar, em vez de substituir, a cultura e os testes de antígenos.

Seminal works

• schoch-2012
• weiss-1995
• verweij-2014

Frequently asked questions

Por que a região ITS é usada para identificar fungos?

A região espaçadora transcrita interna combina conservação suficiente para ser amplificada em fungos com variabilidade suficiente para distinguir muitas espécies, o que levou à sua adoção como um código de barras de DNA fúngico universal.

Os métodos moleculares substituem a microscopia e a cultura para parasitas?

Os métodos moleculares frequentemente adicionam sensibilidade e a capacidade de diferenciar espécies, mas são comumente usados em conjunto com a microscopia e outros métodos, em vez de como uma substituição completa, dependendo do organismo e do contexto clínico.