Enkeltcelle-variantkalling — deteksjon av mutasjoner med cellulær oppløsning
Enkeltcelle-variantkalling er en bioinformatikk-pipeline som identifiserer DNA-sekvensvarianter — enkelt-nukleotidvarianter (SNV-er), små innsettinger og delesjoner, og kopitallsendringer — innenfor individuelle celler i stedet for på tvers av en bulkvevsblanding. Ved å løse opp det mutasjonelle landskapet celle for celle, avslører den intratumoral heterogenitet, klonal arkitektur og somatiske mutasjonsmønstre som bulksekvensering skjuler. Tilnærmingen er sentral for kreftgenomikk, utviklingsbiologi og enhver studie der genetisk mangfold fra celle til celle er hovedspørsmålet.
Les hele metoden
Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Kilder
- Zafar, H., Wang, Y., Nakhleh, L., Navin, N., & Chen, K. (2016). Monovar: single-nucleotide variant detection in single cells. Nature Methods, 13(6), 505–507. DOI: 10.1038/nmeth.3835 ↗
- Singer, J., Ruscheweyh, H. J., Doherr, M. G., Stadler, T., & Althaus, C. L. (2021). Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with piccolo. BMC Bioinformatics, 22(1), 333. link ↗
Slik siterer du denne siden
ScholarGate. (2026, June 3). Single-Cell Genomic Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/no/bioinformatics/single-cell-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Analyse av kopiantallsvariasjonBioinformatikk↔ compare
Referert av
Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →