Enkeltcelle-genberikelsesanalyse — scGSEA
Enkeltcelle-genberikelsesanalyse (scGSEA) utvider klassisk bulk GSEA til oppløsningen av individuelle celler. I stedet for å teste om et gen-sett er beriket i en sammenligning på prøvenivå, tildeler scGSEA en berikelses- eller aktivitets-score til hver celle. Dette gjør det mulig for forskere å kartlegge signalvei-aktivitet på tvers av heterogene cellepopulasjoner, cellestater og utviklingsforløp fanget i enkeltcelle-RNA-sekvenseringsdata.
Les hele metoden
Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.
Metodekart
Nabolaget av beslektede metoder — velg en node for å utforske.
Kilder
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
Slik siterer du denne siden
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/no/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
Hvilken metode?
Sett denne metoden ved siden av sin nærmeste slektning og les dem side om side — biblioteket legger bøkene på bordet; valget er ditt.
- Genesettanrikelsesanalyse (GSEA)Bioinformatikk↔ sammenlign
- Pathway Enrichment AnalysisBioinformatikk↔ sammenlign
- RNA-seq differensialuttrykkBioinformatikk↔ sammenlign
- Analyse av enkeltcelle-RNA-sekvensering (scRNA-seq)Bioinformatikk↔ sammenlign
- Analyse av differensial genuttrykk i enkeltcelle-RNA-sekvenseringBioinformatikk↔ sammenlign
Referert av
Similar methods
Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →