Nettverksbasert gen-sett berikelsesanalyse
Nettverksbasert gen-sett berikelsesanalyse (network GSEA) utvider klassisk GSEA ved å inkludere biologiske interaksjonsnettverk – som protein-protein interaksjons (PPI) eller koekspresjonsgrafer – i berikelsestesten. I stedet for å behandle hvert gen uavhengig, sprer metoden signaler om differensiell ekspresjon over nettverkskanter, noe som gjør at gener som er ko-regulert eller funksjonelt koblet, samlet kan underbygge signifikansen av et gen-sett. Resultatet er en biologisk koherent berikelsesscore som tar hensyn til pathway-topologi og gen-gen-avhengigheter.
Les hele metoden
Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.
Metodekart
Nabolaget av beslektede metoder — velg en node for å utforske.
Kilder
- Shojaie, A., & Michailidis, G. (2010). Network enrichment analysis in complex experiments. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 9(1), Article 22. link ↗
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545-15550. link ↗
Slik siterer du denne siden
ScholarGate. (2026, June 3). Network-Based Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/no/bioinformatics/network-based-gene-set-enrichment-analysis
Hvilken metode?
Sett denne metoden ved siden av sin nærmeste slektning og les dem side om side — biblioteket legger bøkene på bordet; valget er ditt.
- Genesettanrikelsesanalyse (GSEA)Bioinformatikk↔ sammenlign
- Nettverksbasert GWASBioinformatikk↔ sammenlign
- Pathway Enrichment AnalysisBioinformatikk↔ sammenlign
- RNA-seq differensialuttrykkBioinformatikk↔ sammenlign
- Enkeltcelle-genberikelsesanalyseBioinformatikk↔ sammenlign
Referert av
Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →