Differensiell encelle-RNA-sekvenseringsanalyse

Differensiell encelle-RNA-sekvenseringsanalyse (scRNA-seq) er en beregningsmessig arbeidsflyt som sammenligner transkriptomiske profiler på encellenivå på tvers av biologiske tilstander – som behandlet versus ubehandlet, sykdom versus frisk, eller tidspunkter. Den identifiserer hvilke gener, celletyper og celletilstander som endres mellom tilstander, og gir mekanistisk innsikt som bulk-RNA-sekvenseringssammenligninger ikke kan tilby. Tilnærmingen kombinerer klynging, celletypeannotering og statistisk testing, vanligvis ved å bruke pseudobulk-aggregering for å ta hensyn til korrelasjon innenfor prøver.