Enkeltcelle sekvensjustering — scRNA-seq lesekartlegging
Enkeltcelle sekvensjustering er det beregningsmessige steget som kartlegger millioner av korte sekvenseringslesinger produsert av enkeltcelle RNA-sekvenseringseksperimenter tilbake til et referansegenom eller transkriptom. I motsetning til justering av bulk RNA-seq, bærer hver lesing en cellekode og en unik molekylær identifikator (UMI) som sammen identifiserer den opprinnelige cellen og det individuelle RNA-molekylet. Nøyaktig justering og demultipleksing av koder er forutsetninger for å konstruere celle-for-gen-tellingmatrisen som driver all etterfølgende enkeltcelleanalyse.
Les hele metoden
Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Kilder
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Slik siterer du denne siden
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/no/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- RNA-seq differensialuttrykkBioinformatikk↔ compare
Referert av
Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →