Laika sēriju gēnu kopu bagātināšanas analīze — dinamiskā ceļu bagātināšana laika punktos
Laika sēriju gēnu kopu bagātināšanas analīze (TS-GSEA) paplašina klasisko GSEA ietvaru, lai noteiktu bioloģiski koordinētas gēnu kopas — ceļus, gēnu ontoloģijas terminus vai kurētas parakstus —, kuru kolektīvās ekspresijas izmaiņas ir jēgpilnas laika gaitā. Tā vietā, lai salīdzinātu divus momentuzņēmumus, tā modelē pilnu gēnu ekspresijas laika trajektoriju, lai identificētu, kuri funkcionālie programmas tiek aktivizētas, nomāktas vai dinamiski pārveidotas bioloģiska procesa laikā, piemēram, attīstības, ārstēšanas atbildes vai slimības progresēšanas laikā.
Lasīt pilno metodes aprakstu
Piesakieties ar bezmaksas kontu, lai lasītu šo sadaļu.
Metožu karte
Saistīto metožu apkaime — atlasiet mezglu, lai izpētītu.
Avoti
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
Kā citēt šo lapu
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/lv/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
Kura metode?
Novietojiet šo metodi blakus tās tuvākajām radniecīgajām metodēm un lasiet tās līdzās — bibliotēka noliek grāmatas uz galda; izvēle ir jūsu.
- GSEA (Gēnu kopu bagātināšanas analīze)Bioinformātika↔ salīdzināt
- Daudzomikas gēnu kopu bagātināšanas analīzeBioinformātika↔ salīdzināt
- Signālu ceļu bagātināšanas analīzeBioinformātika↔ salīdzināt
- RNA-seq diferenciālās ekspresijasBioinformātika↔ salīdzināt
- Vienšūnas RNS sekvencēšanas analīzeBioinformātika↔ salīdzināt
- Diferenciālās ekspresijas analīze laika sērijās, izmantojot RNA-seqBioinformātika↔ salīdzināt
Similar methods
Pamanījāt kļūdu šajā lapā? Ziņojiet vai ierosiniet labojumu →