Tīkla balstīta gēnu kopu bagātināšanas analīze
Tīkla balstīta gēnu kopu bagātināšanas analīze (tīkla GSEA) paplašina klasisko GSEA, iekļaujot bioloģiskos mijiedarbības tīklus — piemēram, proteīnu-proteīnu mijiedarbības (PPI) vai koekspresijas grafus — bagātināšanas testā. Tā vietā, lai katru gēnu aplūkotu neatkarīgi, metode izplata diferenciālās ekspresijas signālus pa tīkla saitēm, ļaujot gēniem, kas ir kopīgi regulēti vai funkcionāli saistīti, kopīgi atbalstīt gēnu kopas nozīmīgumu. Rezultāts ir bioloģiski koherents bagātināšanas rādītājs, kas ņem vērā ceļa topoloģiju un gēnu-gēnu atkarības.
Lasīt pilno metodes aprakstu
Piesakieties ar bezmaksas kontu, lai lasītu šo sadaļu.
Metožu karte
Saistīto metožu apkaime — atlasiet mezglu, lai izpētītu.
Avoti
- Shojaie, A., & Michailidis, G. (2010). Network enrichment analysis in complex experiments. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 9(1), Article 22. link ↗
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545-15550. link ↗
Kā citēt šo lapu
ScholarGate. (2026, June 3). Network-Based Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/lv/bioinformatics/network-based-gene-set-enrichment-analysis
Kura metode?
Novietojiet šo metodi blakus tās tuvākajām radniecīgajām metodēm un lasiet tās līdzās — bibliotēka noliek grāmatas uz galda; izvēle ir jūsu.
- GSEA (Gēnu kopu bagātināšanas analīze)Bioinformātika↔ salīdzināt
- Tīklā balstīta GWASBioinformātika↔ salīdzināt
- Signālu ceļu bagātināšanas analīzeBioinformātika↔ salīdzināt
- RNA-seq diferenciālās ekspresijasBioinformātika↔ salīdzināt
- Vienšūnu gēnu kopu bagātināšanas analīzeBioinformātika↔ salīdzināt
Uz to atsaucas
Similar methods
Pamanījāt kļūdu šajā lapā? Ziņojiet vai ierosiniet labojumu →