Tīklā balstīta variantu izsaukšana — grafu-genoma genotipēšana
Tīklā balstīta (grafu-genoma) variantu izsaukšana aizstāj tradicionālo vienu lineāro atsauces genomu ar variantu grafu — tīklu, kurā mezgli attēlo sekvenču segmentus un malas attēlo zināmus alternatīvus ceļus genomā. Nolasījumi tiek kartēti uz šo grafu, ļaujot noteikt SNP, indēlus un strukturālos variantus ar ievērojami mazāku atsauces aizspriedumu nekā lineārās atsauces cauruļvadi. Galvenie rīki ietver Variant Graph Toolkit (vg) un Graphtyper.
Lasīt pilno metodes aprakstu
Piesakieties ar bezmaksas kontu, lai lasītu šo sadaļu.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Avoti
- Garrison, E., Sirén, J., Novak, A. M., Hickey, G., Eizenga, J. M., Dawson, E. T., Jones, W., Garg, S., Markello, C., Lin, M. F., Paten, B., & Durbin, R. (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, 36(9), 875–879. DOI: 10.1038/nbt.4227 ↗
- Eggertsson, H. P., Jonsson, H., Kristmundsdottir, S., Hjartarson, E., Kehr, B., Masson, G., Zink, F., Hjorleifsson, K. E., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Melsted, P., Stefansson, K., & Halldorsson, B. V. (2017). Graphtyper enables population-scale genotyping using pangenome graphs. Nature Genetics, 49(11), 1654–1660. DOI: 10.1038/ng.3964 ↗
Kā citēt šo lapu
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based (Graph-genome) Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/lv/bioinformatics/network-based-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Beiziešu variantu izsaukšanaBioinformātika↔ compare
- Kopiju skaita variāciju analīzeBioinformātika↔ compare
- Ģenoma plaša asociācijas pētījums (GWAS)Bioinformātika↔ compare
- RNA-seq diferenciālās ekspresijasBioinformātika↔ compare
- Secvenču salīdzināšanaBioinformātika↔ compare
- Variantu identificēšanaBioinformātika↔ compare
Pamanījāt kļūdu šajā lapā? Ziņojiet vai ierosiniet labojumu →