ScholarGate
Asistents
Process / pipelineBioinformatics / omics

ChIP-seq Peak Calling — Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling

ChIP-seq peak calling ir aprēķinu pipeline, kas identificē ģenoma reģionus, kuros ir bagātināts interesējošais proteīns — transkripcijas faktors vai histona modifikācija — balstoties uz sekvenēšanas nolasījumiem no hromatīna imunoprecipitācijas eksperimentiem. Tas pārvērš neapstrādātus sekvenēšanas datus augstas ticamības saistīšanās vai modifikācijas vietu kopumā visā genomā, ļaujot veikt turpmāku gēnu regulācijas, hromatīna stāvokļa un epigentisko mehānismu analīzi.

Atvērt MethodMindDrīzumāVideoDrīzumāDownload slides

Lasīt pilno metodes aprakstu

Tikai dalībniekiem

Piesakieties ar bezmaksas kontu, lai lasītu šo sadaļu.

Pieteikties

Method map

The neighbourhood of related methods — select a node to explore.

ChIP-seq Peak Calling
ATAC-seq analīzeEpigenomu plaša asociāci…RNA-seq diferenciālās ek…Secvenču salīdzināšanaVienšūnas RNS sekvencēša…Variantu identificēšanaBayesian ChIP-seq Peak C…Diferenciālā ChIP-seq pī…Diferenciālā epigenoma p…Mašīnmācīšanās atbalstīt…

+3 more

Avoti

  1. Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
  2. Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗

Kā citēt šo lapu

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/lv/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Which method?

Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.

Compare side by side →

Uz to atsaucas

Bayesian ChIP-seq Peak CallingDiferenciālā ChIP-seq pīķu noteikšanaDiferenciālā epigenoma plaša mēroga asociācijas pētījumsEpigenomu plaša asociācijas pētījums (EWAS)Mašīnmācīšanās atbalstīta ChIP-seq pīķu noteikšanaVienas šūnas RNS-sekvenēšanas (scRNA-seq) daudzatmiju analīzeRNA-seq diferenciālās ekspresijasSecvenču salīdzināšanaVienšūnu ChIP-seq pīķu noteikšanaLaika secīgu ChIP-seq pīķu noteikšana

Pamanījāt kļūdu šajā lapā? Ziņojiet vai ierosiniet labojumu →

ScholarGate — ChIP-seq Peak Calling (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling). Izgūts 2026-06-15 no https://scholargate.app/lv/bioinformatics/chip-seq-peak-calling · Datu kopa: https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026