検体採取と検査室での確定診断

検査室での確定診断は、病原体が何であるか、そしてどの症例が実際にその病原体を有しているかを確立することにより、アウトブレイク調査の基盤となります。このプロセスは、適切な臨床検体または環境検体を、適切な時期に、適切な対象者から採取することから始まり、輸送、検査、そして検査室でのタイピングを経て、最終的に確定症例を、単に臨床的記述に合致する症例と区別します。

Definition

検体採取と検査室での確定診断とは、アウトブレイクの原因物質を特定し特性を明らかにするために、臨床検体または環境検体を採取し、輸送し、検査することであり、これにより診断の確定、症例の分類、および症例間の検査室による関連付けが可能になります。

Scope

このトピックでは、調査中に検体が採取される理由と方法、診断の検証と症例定義を確定、可能性が高い、疑いの各段階に洗練する上での検査室の役割、および症例を関連付けるための検査室タイピングとゲノムシーケンスの使用について扱います。これは概念的かつ方法論的な内容です。特定の病原体に対する検体取り扱いプロトコル、検査閾値、またはバイオセーフティ手順については、検査室および公衆衛生のガイドラインに準拠するため、ここでは説明しません。

Core questions

• どの検体を、誰から、病気のどの時点で採取すれば、病原体を最もよく特定できるか？
• 検体はどのように採取、輸送、検査されれば、結果が有効となるか？
• 検査室での確定診断は、確定、可能性が高い、疑いの症例カテゴリーをどのように定義するか？
• 検査室でのタイピングやゲノムシーケンスは、症例同士や発生源とをどのように関連付けられるか？

Key concepts

• 臨床検体および環境検体
• 疾患に対する採取のタイミング
• 検体輸送と管理の連鎖 (chain of custody)
• 確定、可能性が高い、疑いの症例カテゴリー
• 診断検査の感度と特異度
• 検査室でのタイピングとサブタイピング
• 症例関連付けのための全ゲノムシーケンス

Mechanisms

呼吸器検体、便、血液、または関連する食品や水などの適切な検体は、十分な数の症例から採取されます。理想的には、治療が結果を改変する前に採取され、病原体を保存する条件下で、記録された取り扱いのもとで輸送されます。その後、検査室で病原体が検出・同定され、これらの結果によって症例定義が段階的に明確化されます。確定症例は検査室基準を満たし、可能性が高い症例と疑い症例は臨床的または疫学的特徴に基づきます。サブタイピングと全ゲノムシーケンスは、症例が同じ株を共有しているかどうかをさらに確立し、疫学的関連性を支持または反証し、症例を共通の発生源に結びつけるのに役立ちます。あらゆる結果の解釈的価値は、検査の感度と特異度に依存します。

Clinical relevance

臨床医と検査室スタッフは、アウトブレイクの病原体を確定し、その症例を分類する検体を採取し、結果を生成するため、採取の質とタイミングは調査に直接影響します。検査室での確定診断を理解することは、医療専門家が症例が疑いではなく確定と分類される理由を解釈するのに役立ちます。この項目は、調査における検査室での確定診断の役割を説明するものであり、特定の病原体に対する検体取り扱い、バイオセーフティ、または診断プロトコルではありません。

Epidemiology

検査室での確定診断は、2003年にSARSを明確な新しい疾患として認識する上で中心的役割を果たし、臨床的および検査室的特性評価がその症候群と症例を定義しました。より広範には、病原体ゲノムシーケンスと疫学データの統合は、アウトブレイク調査において病原体を確定し、症例を関連付ける標準的な方法となっており、症例分類と発生源特定の両方を強化しています。

History

19世紀後半の細菌学は、アウトブレイクを特定の同定された微生物に結びつけることを初めて可能にし、20世紀の野外疫学は、検査室での確定診断を確定、可能性が高い、疑いの段階的な症例定義に組み込みました。分子サブタイピング、そして最近では全ゲノムシーケンスが、病原体の特定から、どの症例が関連しているかを解明するまで、検査室の役割を拡大し、検査室と疫学的証拠を統合しました。

Debates

症例定義は、検査室での確定診断と感度のバランスをどのように取るべきか？

検査室での確定診断を要求すると特異度は高まるが、陽性検査結果が得られない実際の症例を見逃す可能性がある。一方、広範な臨床的定義は、非症例を含む費用を払ってより多くの症例を捕捉する。したがって、調査では段階的な定義を使用し、検査能力と調査のニーズの進化に応じて調整する。

Key figures

• Michael Gregg
• Yonatan Grad
• Marc Lipsitch

Seminal works

• lee-2003
• grad-lipsitch-2014

Frequently asked questions

なぜ症例は確定、可能性が高い、疑いに分類されるのか？

段階的な症例定義により、調査は正確性と網羅性のバランスを取ることができます。確定症例は検査室基準を満たし、最も特異性が高い一方、可能性が高い症例と疑い症例は、検査室での確定診断がないものの、臨床的または疫学的に適合する症例を捕捉するため、実際の症例が早期に見逃されることを防ぎます。

ゲノムシーケンスはアウトブレイクの確定にどのように役立つのか？

病原体の特定を超えて、シーケンスは異なる症例由来の分離株のゲノムを比較します。密接に関連する配列は、それらの症例が同じアウトブレイクの一部であり、共通の発生源を共有している可能性があるという結論を支持し、疫学的証拠を補完します。