Taksonomi dan Identifikasi Fungi
Taksonomi dan identifikasi fungi adalah cabang mikologi yang berkaitan dengan bagaimana fungi diklasifikasikan ke dalam hierarki evolusi yang koheren dan bagaimana isolat individu dikenali serta diberi nama. Ini mencakup pembagian tingkat tinggi kingdom fungi menjadi filum seperti Ascomycota dan Basidiomycota, fitur morfologi dan molekuler yang digunakan untuk membedakan taksa, serta alur kerja praktis di mana fungi klinis atau lingkungan diidentifikasi.
Definition
Taksonomi fungi adalah klasifikasi dan penamaan fungi secara sistematis dalam kerangka evolusi, sedangkan identifikasi fungi adalah proses penentuan isolat yang tidak diketahui ke dalam takson yang dikenal menggunakan karakter morfologi, biokimia, dan molekuler.
Scope
Area ini mengarahkan pembaca pada klasifikasi modern kingdom Fungi dan metode yang digunakan untuk mengidentifikasi fungi pada tingkat genus dan spesies. Ini memperkenalkan tiga topik: dua divisi terbesar (Ascomycota dan Basidiomycota), fungi zigomisetes dan divisi lainnya, serta metode identifikasi morfologi dan molekuler yang mendasari taksonomi dan mikologi diagnostik. Ini adalah tinjauan referensi, bukan protokol diagnostik atau pengobatan.
Sub-topics
Core questions
- Bagaimana kingdom Fungi dibagi menjadi filum dan bagaimana filogenetika molekuler telah membentuk kembali pembagian tersebut?
- Struktur morfologi dan reproduksi apa yang membedakan kelompok fungi utama?
- Bagaimana fungi klinis dan lingkungan diidentifikasi, dan di mana morfologi, pengurutan, dan spektrometri massa masing-masing diterapkan?
- Mengapa pengelompokan lama seperti 'zigomisetes' dan kelompok bentuk 'Fungi imperfecti' telah direvisi?
Key concepts
- Kingdom Fungi dan filumnya
- Ascomycota dan Basidiomycota
- Fungi zigomisetes (Mucoromycota dan garis keturunan terkait)
- Identifikasi morfologi (hifa, spora, struktur buah)
- Barcoding DNA dan daerah ITS
- Filogenetika molekuler
- Teleomorf, anamorf, dan pergeseran ke satu fungi, satu nama
- Identifikasi spektrometri massa MALDI-TOF
Mechanisms
Klasifikasi didasarkan pada hubungan evolusi yang disimpulkan: nenek moyang bersama direkonstruksi dari karakter morfologi (misalnya jenis tubuh buah seksual) dan, semakin banyak, dari data urutan DNA, sehingga kelompok yang diberi nama sesuai dengan garis keturunan monofiletik jika memungkinkan. Hibbett dan rekan (2007) mensintesis bukti molekuler dan morfologi ke dalam klasifikasi tingkat tinggi kingdom, dan daerah internal transcribed spacer (ITS) diadopsi sebagai kode batang DNA universal untuk fungi (Schoch et al., 2012), memberikan identifikasi mata uang umum berbasis urutan yang melengkapi mikroskopi dan kultur tradisional.
Clinical relevance
Identifikasi yang akurat mendasari mikologi diagnostik karena genus dan spesies fungi menginformasikan perilaku yang diharapkan dan penanganan laboratorium, dan histopatologi tetap menjadi alat inti untuk mengenali elemen fungi dalam jaringan (Guarner & Brandt, 2011). Area ini menjelaskan bagaimana fungi diberi nama dan dikenali serta bagaimana pengetahuan tersebut mendukung diagnosis laboratorium; ini bukan sumber instruksi diagnostik atau terapeutik individu.
Evidence & guidelines
Kerangka referensi untuk area ini adalah klasifikasi molekuler-filogenetik kingdom Fungi yang dikonsolidasikan oleh Hibbett et al. (2007) dan sintesis Deep Hypha (Blackwell et al., 2006), bersama dengan standar barcoding ITS (Schoch et al., 2012). Identifikasi diagnostik juga mengacu pada tinjauan histopatologi dan laboratorium seperti Guarner dan Brandt (2011).
History
Klasifikasi fungi awal dibangun berdasarkan struktur reproduksi yang terlihat, membagi fungi berdasarkan cara mereka menghasilkan spora seksual dan mengelompokkan bentuk aseksual secara terpisah sebagai Fungi imperfecti. Sejak akhir abad ke-20, pengurutan DNA memungkinkan hubungan evolusi diuji secara langsung; inisiatif Deep Hypha (Blackwell et al., 2006) dan klasifikasi tingkat tinggi Hibbett et al. (2007) menata ulang kingdom berdasarkan garis filogenetik, dan barcoding ITS (Schoch et al., 2012) menstandardisasi identifikasi molekuler.
Key figures
- David Hibbett
- Meredith Blackwell
- John W. Taylor
- Conrad Schoch
Related topics
Seminal works
- hibbett-2007
- schoch-2012
- blackwell-2006
Frequently asked questions
- Apa saja divisi utama kingdom fungi?
- Dua yang terbesar adalah Ascomycota (sac fungi) dan Basidiomycota (club fungi); garis keturunan tambahan termasuk fungi zigomisetes yang sekarang ditempatkan di Mucoromycota dan filum terkait, bersama dengan kelompok yang menyimpang awal seperti Chytridiomycota.
- Bagaimana fungi diidentifikasi di laboratorium?
- Identifikasi menggabungkan morfologi di bawah mikroskop, karakteristik kultur, dan metode molekuler seperti pengurutan ITS, dengan spektrometri massa yang semakin banyak digunakan untuk identifikasi cepat; kombinasi yang sesuai tergantung pada organisme dan pengaturan.