आणविक डॉकिंग और वर्चुअल स्क्रीनिंग
आणविक डॉकिंग यह अनुमान लगाता है कि एक छोटा अणु किसी लक्ष्य से कैसे जुड़ता है, और वर्चुअल स्क्रीनिंग इस और संबंधित विधियों को उम्मीदवार यौगिकों की बड़ी लाइब्रेरी को रैंक करने के लिए लागू करता है।
Definition
अभिकलनात्मक विधियाँ जो मैक्रोमोलेक्यूलर लक्ष्य के लिए लिगैंड्स के बाध्य संरूपण और सापेक्ष आत्मीयता की भविष्यवाणी करती हैं और इन भविष्यवाणियों का उपयोग उम्मीदवार अणुओं को प्राथमिकता देने के लिए करती हैं।
Scope
यह बाइंडिंग पोज़ और आत्मीयता की भविष्यवाणी की डॉकिंग समस्या, संरूपण खोज एल्गोरिदम, स्कोरिंग फ़ंक्शन और उनकी सीमाओं, और यौगिक लाइब्रेरी की संरचना-आधारित और लिगैंड-आधारित वर्चुअल स्क्रीनिंग को शामिल करता है। यह कंप्यूटर-सहायता प्राप्त दवा डिज़ाइन अनुप्रयोगों पर केंद्रित है।
Core questions
- किसी लिगैंड के बाइंडिंग पोज़ को लक्ष्य स्थल के भीतर कैसे खोजा और अनुमानित किया जाता है?
- स्कोरिंग फ़ंक्शन बाइंडिंग आत्मीयता का अनुमान कैसे लगाते हैं, और वे अपूर्ण क्यों हैं?
- वर्चुअल स्क्रीनिंग बड़ी लाइब्रेरी को कुशलता से कैसे छांटती है?
- संरचना-आधारित बनाम लिगैंड-आधारित दृष्टिकोण कब उपयुक्त होते हैं?
Key theories
- पोज़ जनरेशन और स्कोरिंग
- डॉकिंग बाइंडिंग भविष्यवाणी को प्रशंसनीय लिगैंड पोज़ की खोज और उन्हें एक अनुमानित फ़ंक्शन के साथ स्कोर करने में विभाजित करता है जो कई अणुओं को स्क्रीन करने के लिए आवश्यक गति के मुकाबले सटीकता को संतुलित करता है।
- वर्चुअल स्क्रीनिंग ट्राइएज
- अभिकलनात्मक रैंकिंग प्रायोगिक परीक्षण के लिए आशाजनक उम्मीदवारों के एक व्यवहार्य सेट में बड़ी लाइब्रेरी को फ़िल्टर करती है, जिसमें संरचना-आधारित डॉकिंग या लिगैंड-आधारित समानता का उपयोग किया जाता है।
Clinical relevance
डॉकिंग और वर्चुअल स्क्रीनिंग संरचना-आधारित दवा खोज के मुख्य उपकरण हैं, जो हिट और लीड यौगिकों की पहचान करने और उन्हें प्राथमिकता देने और बाइंडिंग को तर्कसंगत बनाने में मदद करते हैं, जिससे महंगी प्रायोगिक अभियानों पर ध्यान केंद्रित किया जा सके।
History
1980 के दशक की शुरुआत में कुंट्ज़ के DOCK कार्यक्रम के साथ शुरू होकर, डॉकिंग बढ़ती संरचनात्मक डेटाबेस और कंप्यूटिंग शक्ति के साथ परिपक्व हुआ; 1990 के दशक से स्कोरिंग फ़ंक्शन और वर्चुअल स्क्रीनिंग प्रोटोकॉल फार्मास्युटिकल खोज के लिए केंद्रीय बन गए।
Debates
- स्कोरिंग फ़ंक्शन की विश्वसनीयता
- स्कोरिंग फ़ंक्शन गति के लिए भौतिक कठोरता का व्यापार करते हैं और अक्सर आत्मीयता के लिए सक्रिय पदार्थों को केवल संयोग से थोड़ा बेहतर रैंक करते हैं, इसलिए उनकी पूर्वानुमानित विश्वसनीयता और सर्वोत्तम सत्यापन प्रथाओं पर बहस जारी है।
Key figures
- Irwin Kuntz
- Jürgen Bajorath
- Andrew Leach
- Brian Shoichet
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Frequently asked questions
- क्या एक अच्छा डॉकिंग स्कोर एक मजबूत बाइंडर की गारंटी देता है?
- नहीं; स्कोरिंग फ़ंक्शन अनुमानित होते हैं और गलत सकारात्मक के लिए प्रवृत्त होते हैं, इसलिए डॉकिंग का सबसे अच्छा उपयोग उम्मीदवारों को समृद्ध और प्राथमिकता देने के लिए किया जाता है, न कि प्रायोगिक पुष्टि के बिना आत्मीयता का सटीक अनुमान लगाने के लिए।
- डॉकिंग और वर्चुअल स्क्रीनिंग में क्या अंतर है?
- डॉकिंग यह अनुमान लगाता है कि एक लिगैंड लक्ष्य से कैसे जुड़ता है, जबकि वर्चुअल स्क्रीनिंग एक बड़ी लाइब्रेरी में डॉकिंग या अन्य मॉडल लागू करता है ताकि यह चुना जा सके कि किन यौगिकों का परीक्षण किया जाए।