कवक और परजीवी आणविक निदान

कवक और परजीवी आणविक निदान में कवक और परजीवियों का पता लगाने और उनकी पहचान करने के लिए न्यूक्लिक एसिड-आधारित तरीकों का उपयोग किया जाता है, जो अक्सर धीमी गति से बढ़ते हैं, जिन्हें कल्चर करना मुश्किल होता है, या माइक्रोस्कोपी द्वारा पहचानना कठिन होता है। अनुक्रम मार्कर और प्रवर्धन परख (amplification assays) नैदानिक पहुंच का विस्तार करते हैं जहां पारंपरिक तरीके सीमित होते हैं।

Definition

कवक और परजीवी आणविक निदान आणविक तरीकों — प्रवर्धन (amplification), संकरण (hybridisation), और मार्कर क्षेत्रों के अनुक्रमण (sequencing) — का उपयोग करके नैदानिक नमूनों या आइसोलेट्स में कवक और परजीवियों का पता लगाने और उनकी पहचान करने की प्रक्रिया है।

Scope

यह विषय कवक के डीएनए बारकोडिंग (विशेष रूप से आंतरिक प्रतिलेखित स्पेसर क्षेत्र), कवक और परजीवी रोगजनकों का पीसीआर-आधारित पता लगाने, और कल्चर और माइक्रोस्कोपी के सापेक्ष इन तरीकों की ताकत और सीमाओं को शामिल करता है। इसे उपचार या खुराक मार्गदर्शन के बिना एक प्रयोगशाला और संदर्भ विषय के रूप में तैयार किया गया है।

Core questions

• कौन सा कवक या परजीवी जीव मौजूद है, और कौन सा मार्कर क्षेत्र इसे सबसे अच्छी तरह पहचानता है?
• संवेदनशीलता और विशिष्टता में आणविक विधियां माइक्रोस्कोपी और कल्चर से कैसे तुलना करती हैं?
• कल्चर-स्वतंत्र आणविक परख नैदानिक मूल्य कब जोड़ते हैं?

Key concepts

• कवक बारकोड मार्कर के रूप में ITS क्षेत्र
• पीसीआर-आधारित रोगजनक पहचान
• डीएनए प्रोब
• मल्टीप्लेक्स आणविक पैनल
• कल्चर-स्वतंत्र निदान
• मार्कर चयन और संदर्भ डेटाबेस

Mechanisms

कवक के लिए, परमाणु राइबोसोमल आंतरिक प्रतिलेखित स्पेसर (ITS) क्षेत्र एक व्यापक रूप से अपनाया गया सार्वभौमिक बारकोड के रूप में कार्य करता है, जिसे अनुक्रमित करने और संदर्भ डेटाबेस के साथ मिलान करने पर, अधिकांश कवक को जीनस या प्रजाति स्तर तक पहचानता है (Schoch et et al., 2012)। पीसीआर-आधारित परख (PCR-based assays) नैदानिक सामग्री में सीधे कवक का पता लगाने के लिए जीव-विशिष्ट लक्ष्यों को प्रवर्धित करते हैं, जो आक्रामक बीमारी के लिए मूल्यवान हो सकता है जहां कल्चर धीमा या असंवेदनशील होता है, हालांकि उनकी नैदानिक तैयारी सेटिंग के अनुसार भिन्न होती है (Nguyen & Clancy, 2018)। परजीवियों के लिए, डीएनए प्रोब और पीसीआर को कुछ पारंपरिक तरीकों के अधिक संवेदनशील विकल्प के रूप में जल्दी स्थापित किया गया था (Weiss, 1995), और पीसीआर-आधारित और मल्टीप्लेक्स परख अब नैदानिक प्रयोगशाला में आंतों और अन्य परजीवियों का पता लगाने और उन्हें अलग करने के लिए लागू किए जाते हैं (Verweij & Stensvold, 2014)।

Clinical relevance

आणविक कवक और परजीवी निदान यह वर्णन करते हैं कि प्रयोगशालाएं उन जीवों का पता कैसे लगाती हैं और उनकी पहचान कैसे करती हैं जिन्हें कल्चर और माइक्रोस्कोपी से नहीं पहचाना जा सकता है, जिससे नैदानिक रिपोर्टिंग और निगरानी को सूचित किया जा सके। यह विषय बताता है कि यह साक्ष्य कैसे उत्पन्न होता है और यह व्यक्तिगत नैदानिक या उपचार निर्णयों का आधार नहीं है।

Epidemiology

आणविक पहचान ने कवक और परजीवी संक्रमणों की पहचान और विभेदन में सुधार किया है, विशेष रूप से उन जीवों के लिए जिन्हें कल्चर करना मुश्किल है या रूपात्मक रूप से अलग करना मुश्किल है, जिससे उनकी घटना के अधिक सटीक जनसंख्या-स्तर के मूल्यांकन का समर्थन होता है (Verweij & Stensvold, 2014; Weiss, 1995)।

Evidence & guidelines

मार्कर-आधारित कवक पहचान ITS क्षेत्र को एक सार्वभौमिक बारकोड के रूप में स्थापित करने वाले कंसोर्टियम कार्य पर आधारित है (Schoch et al., 2012), जबकि समीक्षाएं पीसीआर-आधारित कवक और परजीवी परख के नैदानिक प्रदर्शन और सीमाओं को सारांशित करती हैं (Nguyen & Clancy, 2018; Verweij & Stensvold, 2014)। परख-विशिष्ट मानक पेशेवर निकायों और निर्माताओं द्वारा निर्धारित किए जाते हैं और यहां पुनरुत्पादित नहीं किए जाते हैं।

History

आणविक विधियों ने माइकोलॉजी और परजीवी विज्ञान में प्रवेश किया क्योंकि पीसीआर और प्रोब-आधारित पहचान ने कुछ पारंपरिक तकनीकों की तुलना में अधिक संवेदनशीलता का प्रदर्शन किया (Weiss, 1995)। एक सार्वभौमिक कवक बारकोड के रूप में ITS क्षेत्र को औपचारिक रूप से अपनाने से आणविक कवक पहचान का मानकीकरण हुआ (Schoch et al., 2012), और पीसीआर-आधारित परजीवी विज्ञान परख धीरे-धीरे नियमित नैदानिक प्रयोगशालाओं में चले गए (Verweij & Stensvold, 2014)।

Debates

क्या आणविक कवक परख पारंपरिक निदान को बदलने के लिए तैयार हैं?

पीसीआर-आधारित कवक परख आक्रामक बीमारी के लिए संवेदनशीलता और गति बढ़ा सकते हैं, लेकिन मानकीकरण और नैदानिक सत्यापन में परिवर्तनशीलता का मतलब है कि वे अक्सर कल्चर और एंटीजन परीक्षण को बदलने के बजाय पूरक के रूप में उपयोग किए जाते हैं।

Seminal works

• schoch-2012
• weiss-1995
• verweij-2014

Frequently asked questions

कवक की पहचान के लिए ITS क्षेत्र का उपयोग क्यों किया जाता है?

आंतरिक प्रतिलेखित स्पेसर क्षेत्र कवक में प्रवर्धित होने के लिए पर्याप्त संरक्षण को कई प्रजातियों को अलग करने के लिए पर्याप्त परिवर्तनशीलता के साथ जोड़ता है, जिसके कारण इसे एक सार्वभौमिक कवक डीएनए बारकोड के रूप में अपनाया गया।

क्या आणविक विधियां परजीवियों के लिए माइक्रोस्कोपी और कल्चर को प्रतिस्थापित करती हैं?

आणविक विधियां अक्सर संवेदनशीलता और प्रजातियों को अलग करने की क्षमता जोड़ती हैं, लेकिन वे आमतौर पर जीव और नैदानिक संदर्भ के आधार पर पूर्ण प्रतिस्थापन के बजाय माइक्रोस्कोपी और अन्य तरीकों के साथ उपयोग की जाती हैं।