Cladistique et parcimonie
La parcimonie cladistique sélectionne l'arbre évolutif qui explique les caractères observés avec le moins de changements, en considérant l'homoplasie comme le coût à minimiser.
Definition
La parcimonie maximale est un critère d'optimalité qui sélectionne l'arbre phylogénétique minimisant le nombre total de changements d'état de caractère requis pour expliquer les données.
Scope
Ce sujet aborde le critère d'optimalité de la parcimonie, le décompte des changements d'état de caractère (longueur d'arbre), les stratégies de recherche pour trouver les arbres les plus courts, les méthodes de consensus pour résumer plusieurs arbres également parcimonieux, ainsi que les hypothèses et les critiques de la parcimonie comme base de l'inférence phylogénétique.
Core questions
- Comment la longueur d'un arbre est-elle calculée sous le critère de parcimonie ?
- Comment les arbres les plus courts sont-ils trouvés lorsque la recherche exhaustive est impossible ?
- Comment plusieurs arbres également parcimonieux sont-ils résumés ?
- Dans quelles conditions la parcimonie peut-elle être trompée ?
Key theories
- Principe du changement minimal
- La parcimonie privilégie l'arbre nécessitant le moins de changements évolutifs, selon le raisonnement que les hypothèses ad hoc d'homoplasie devraient être minimisées.
- Attraction des longues branches
- La parcimonie peut être statistiquement inconsistante, regroupant des lignées à évolution rapide en raison de changements convergents plutôt que d'une ascendance partagée, un mode de défaillance connu sous le nom d'attraction des longues branches.
Clinical relevance
Les arbres basés sur la parcimonie restent largement utilisés pour les ensembles de données morphologiques et combinées, y compris les analyses incluant des fossiles, qui éclairent notre compréhension de l'évolution des traits pertinente pour la biologie comparative et la biomédecine.
History
La parcimonie est devenue la méthode computationnelle dominante de l'ère cladistique, implémentée dans des logiciels largement utilisés à partir des années 1980 ; la démonstration de Felsenstein selon laquelle la parcimonie peut être inconsistante sous des taux inégaux a stimulé l'émergence d'alternatives basées sur des modèles.
Debates
- La parcimonie ou la vraisemblance est-elle préférable ?
- Les partisans de la parcimonie soulignent ses hypothèses minimales et sa transparence, tandis que les critiques mettent en évidence son inconsistance statistique sous des taux hétérogènes et privilégient les méthodes explicitement basées sur des modèles.
Key figures
- Willi Hennig
- Joseph Felsenstein
- James Farris
Related topics
Seminal works
- hennig1966
- wiley2011
- felsenstein2004
Frequently asked questions
- Pourquoi minimiser le nombre de changements évolutifs ?
- La parcimonie considère chaque changement supplémentaire comme une hypothèse ad hoc additionnelle d'homoplasie ; par conséquent, l'arbre le plus court est considéré comme l'explication la mieux étayée des données.
- Qu'est-ce que l'attraction des longues branches ?
- Il s'agit d'un artefact où deux lignées non apparentées et à évolution rapide sont regroupées parce que des similarités convergentes fortuites sont confondues avec une ascendance partagée, une faiblesse connue de la parcimonie.