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Process / pipelineBioinformatics / omics

Appel de variants à l'échelle unicellulaire — détection de mutations à la résolution cellulaire

L'appel de variants à l'échelle unicellulaire est un pipeline bioinformatique qui identifie les variants de séquence d'ADN — variants mononucléotidiques (SNV), petites insertions et délétions, et altérations du nombre de copies — au sein de cellules individuelles plutôt qu'à travers un mélange de tissus en vrac. En résolvant le paysage mutationnel cellule par cellule, il révèle l'hétérogénéité intratumorale, l'architecture clonale et les schémas de mutation somatique que le séquençage en vrac occulte. L'approche est centrale pour la génomique du cancer, la biologie du développement et toute étude où la diversité génétique intercellulaire est la question principale.

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Sources

  1. Zafar, H., Wang, Y., Nakhleh, L., Navin, N., & Chen, K. (2016). Monovar: single-nucleotide variant detection in single cells. Nature Methods, 13(6), 505–507. DOI: 10.1038/nmeth.3835
  2. Singer, J., Ruscheweyh, H. J., Doherr, M. G., Stadler, T., & Althaus, C. L. (2021). Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with piccolo. BMC Bioinformatics, 22(1), 333. link

Comment citer cette page

ScholarGate. (2026, June 3). Single-Cell Genomic Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/single-cell-variant-calling

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ScholarGateSingle-cell variant calling (Single-Cell Genomic Variant Calling). Consulté le 2026-06-15 sur https://scholargate.app/fr/bioinformatics/single-cell-variant-calling · Jeu de données : https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026