Process / pipelineBioinformatics / omics

ChIP-seq Peak Calling — Kromatiini immunotsipitatsiooniga sekveneerimise tippude kutsumine

ChIP-seq tippude kutsumine on arvutuslik töötlusliin, mis tuvastab genoomi piirkonnad, kus uuritav valk — transkriptsioonifaktor või histooni modifikatsioon — on rikastunud, tuginedes kromatiini immunotsipitatsioonikatsetest saadud sekveneerimisandmetele. See teisendab toored sekveneerimisandmed kõrge usaldusväärsusega sidumis- või modifikatsioonikohtade kogumiks kogu genoomis, võimaldades hilisemat analüüsi geeniregulatsiooni, kromatiini seisundi ja epigeneetiliste mehhanismide kohta.

Ava rakenduses MethodMindPeagiVideoPeagiDownload slides

Loe meetodi täielikku kirjeldust

Ainult liikmetele

Selle osa lugemiseks logi sisse tasuta kontoga.

Logi sisse

Method map

The neighbourhood of related methods — select a node to explore.

ChIP-seq Peak Calling

ATAC-seq analüüs Epigenome-Wide Associati…RNA-seq diferentsiaalne…Järjestuste joondamine Üherakulise RNA sekvenee…Variant Calling Bayesian ChIP-seq Peak C…Diferentsiaalne ChIP-seq…Diferentsiaalne epigenoo…Masinõppimisega abistatu…

+3 more

Allikad

Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗

Kuidas sellele lehele viidata

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/et/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Which method?

Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.

ATAC-seq analüüsGeneetika↔ compare
Epigenome-Wide Association Study (EWAS)Bioinformaatika↔ compare
RNA-seq diferentsiaalne ekspressioonBioinformaatika↔ compare
Järjestuste joondamineBioinformaatika↔ compare
Üherakulise RNA sekveneerimise analüüsBioinformaatika↔ compare
Variant CallingBioinformaatika↔ compare

Compare side by side →

Sellele viitavad

Bayesian ChIP-seq Peak Calling Diferentsiaalne ChIP-seq piikide kutsumine Diferentsiaalne epigenoom-laiune assotsiatsiooniuuring Epigenome-Wide Association Study (EWAS)Masinõppimisega abistatud ChIP-seq piikide kutsumine Mitme omiksitehnoloogia üksikrakkude RNA-seq analüüs RNA-seq diferentsiaalne ekspressioon Järjestuste joondamine Single-cell ChIP-seq peak calling Ajakohaline ChIP-seq tippude kutsumine

Märkasid sellel lehel viga? Teata sellest või paku parandust →