Mapeo de QTL y rasgos complejos
La localización de las regiones genómicas específicas que influyen en un rasgo de variación continua convierte la heredabilidad abstracta de la genética cuantitativa en posiciones de mapa concretas, utilizando cruces controlados o asociación a escala poblacional.
Definition
El mapeo de QTL y rasgos complejos es el conjunto de métodos que localizan las regiones o variantes genómicas que contribuyen a un rasgo cuantitativo o complejo al detectar la asociación estadística entre marcadores genéticos y el rasgo en diferentes individuos.
Scope
Este tema abarca el mapeo de loci de rasgos cuantitativos (QTL) en cruces experimentales mediante la ligamiento entre marcadores y valores de rasgos, el mapeo de intervalos y las puntuaciones LOD, el paso a marcadores moleculares densos, los estudios de asociación de genoma completo (GWAS) en poblaciones exogámicas, el desequilibrio de ligamiento y su papel en la asociación, y el efecto de confusión de la estructura de la población y cómo se controla. Trata la localización de loci subyacentes a rasgos complejos; la descripción estadística de la variación en sí misma se cubre en el tema adyacente.
Core questions
- ¿Cómo revela el ligamiento entre un marcador y un rasgo un locus de rasgo cuantitativo en un cruce?
- ¿Cómo detectan los estudios de asociación de genoma completo las variantes asociadas a rasgos en las poblaciones?
- ¿Por qué el desequilibrio de ligamiento es fundamental para el mapeo de asociación?
- ¿Cómo produce la estructura de la población no contabilizada asociaciones falsas y cómo se corrige?
Key concepts
- Loci de rasgos cuantitativos y ligamiento marcador-rasgo
- Mapeo de intervalos y puntuaciones LOD
- Estudios de asociación de genoma completo
- Desequilibrio de ligamiento
- Estructura de la población como factor de confusión y su corrección
Mechanisms
En un cruce, un marcador cercano a un locus causal co-segrega con el rasgo, por lo que un pico en la señal estadística a lo largo del cromosoma marca un QTL; en las poblaciones, la recombinación histórica deja variantes causales en desequilibrio de ligamiento con marcadores cercanos, lo que permite escaneos de asociación, siempre que la ascendencia compartida que se correlaciona tanto con el genotipo como con el rasgo se modele.
Clinical relevance
El mapeo de asociación ha identificado miles de variantes vinculadas a enfermedades y rasgos humanos comunes, lo que ha contribuido a las puntuaciones de riesgo poligénico y al descubrimiento de dianas farmacológicas, mientras que el control de la estructura de la población, formalizado en los métodos de inferencia de estructura, es esencial para evitar hallazgos espurios.
History
El mapeo de QTL por intervalos en cruces experimentales se formalizó alrededor de 1989, los mapas de marcadores densos permitieron una resolución más fina, y a partir de mediados de la década de 2000, los estudios de asociación de genoma completo extendieron el mapeo a poblaciones humanas; los métodos para inferir y corregir la estructura de la población, como el modelo de Falush, Stephens y Pritchard, hicieron que estos estudios fueran fiables.
Key figures
- Eric Lander
- Jonathan Pritchard
- Trudy Mackay
Related topics
Seminal works
- falush2003
- lynchWalsh1998
Frequently asked questions
- ¿Cuál es la diferencia entre el mapeo de QTL y un estudio de asociación de genoma completo?
- El mapeo de QTL generalmente utiliza cruces controlados donde los parientes conocidos permiten rastrear la recombinación directamente, mientras que un estudio de asociación de genoma completo examina individuos no relacionados en una población, basándose en el desequilibrio de ligamiento histórico entre marcadores y variantes causales.
- ¿Por qué la estructura de la población causa asociaciones falsas?
- Si los subgrupos de una muestra difieren tanto en la ascendencia como en el rasgo, cualquier alelo que simplemente sea más común en un subgrupo parecerá asociado con el rasgo; la corrección por ascendencia elimina estas señales espurias.