Microbiología Clínica
La microbiología clínica es el área de la medicina de laboratorio que se ocupa de detectar, identificar y caracterizar los microorganismos que causan infecciones humanas (bacterias, hongos, virus, micobacterias y parásitos), y de predecir cómo responderán esos organismos a los agentes antimicrobianos. Vincula la muestra del paciente con información de laboratorio procesable mediante cultivo, microscopía, inmunoensayo, amplificación molecular y espectrometría de masas.
Definition
La microbiología clínica es la disciplina de laboratorio que establece la causa microbiana de una infección en una muestra de paciente y caracteriza el organismo causante —incluyendo su identidad y su susceptibilidad antimicrobiana— para apoyar el diagnóstico y la vigilancia.
Scope
El área abarca el flujo de trabajo del laboratorio de microbiología diagnóstica: recogida y calidad de la muestra, aislamiento primario y microscopía, identificación fenotípica y genotípica de organismos, pruebas de susceptibilidad y resistencia, y la detección serológica y molecular de patógenos difíciles o imposibles de cultivar. Aquí se organiza en entradas temáticas para la identificación bacteriana, las pruebas de susceptibilidad antimicrobiana, la identificación fúngica y las pruebas antifúngicas, la detección viral y la serología, y la identificación y resistencia micobacteriana. La entrada trata estos temas como métodos de ciencia de laboratorio, no como instrucciones de manejo clínico.
Sub-topics
Core questions
- ¿Qué microorganismo, si lo hay, está presente en esta muestra, y es un patógeno o un contaminante?
- ¿Qué método —cultivo, microscopía, detección de antígenos, serología, amplificación de ácidos nucleicos o espectrometría de masas— lo detecta e identifica mejor?
- ¿Es el organismo susceptible o resistente a los agentes antimicrobianos que podrían usarse contra él?
- ¿Cómo se establecen y limitan el rendimiento analítico, el tiempo de respuesta y la interpretación clínica de una prueba microbiológica?
Key concepts
- Calidad de la muestra y variables preanalíticas
- Aislamiento basado en cultivo versus detección independiente de cultivo
- Identificación fenotípica (crecimiento, bioquímica, morfología)
- Identificación genotípica y proteómica (secuenciación, espectrometría de masas MALDI-TOF)
- Pruebas de susceptibilidad y resistencia antimicrobiana
- Serología (detección de anticuerpos y antígenos)
- Pruebas de amplificación de ácidos nucleicos
- Sensibilidad analítica, especificidad y tiempo de respuesta
- Colonización versus infección
Mechanisms
La microbiología diagnóstica procede de una muestra a un resultado a través de una secuencia de pasos analíticos. La microscopía y el cultivo primario aíslan o visualizan organismos; las pruebas fenotípicas leen luego las características de crecimiento y las reacciones bioquímicas, mientras que la identificación proteómica mediante espectrometría de masas MALDI-TOF lee el espectro de masas de proteínas de cada organismo contra una base de datos de referencia, lo que ha reconfigurado los flujos de trabajo de identificación rutinarios (Clark et al., 2013). Cuando los organismos son de crecimiento lento o no cultivables, el laboratorio recurre a la detección de antígenos o anticuerpos basada en inmunoensayos y a la amplificación de ácidos nucleicos, como la PCR en tiempo real, que detecta los genomas de los patógenos directamente en la muestra (Espy et al., 2006). Las pruebas de susceptibilidad exponen luego un aislado a concentraciones antimicrobianas definidas y leen la inhibición del crecimiento (Jorgensen & Ferraro, 2009). A través de estos métodos, el laboratorio debe distinguir la infección verdadera de la colonización o la contaminación y equilibrar la sensibilidad analítica, la especificidad y el tiempo de respuesta (Caliendo et al., 2013).
Clinical relevance
La microbiología clínica genera gran parte de la evidencia en la que se basa el reconocimiento y la vigilancia de las enfermedades infecciosas, y sus resultados —una identificación de organismo y un perfil de susceptibilidad— informan el razonamiento clínico sobre la infección. Las entradas aquí describen cómo se produce e interpreta esa evidencia de laboratorio; son una referencia de método y concepto y no una base para decisiones diagnósticas o de tratamiento individuales, las cuales dependen del contexto clínico completo.
Epidemiology
El laboratorio de microbiología clínica es también un centinela para la salud pública: sus identificaciones y datos de susceptibilidad alimentan la vigilancia de la resistencia antimicrobiana y la detección de brotes. Se ha argumentado que diagnósticos más rápidos y precisos son una prioridad de salud pública precisamente porque configuran tanto la atención individual como el monitoreo de la resistencia emergente (Caliendo et al., 2013).
History
La microbiología diagnóstica creció a partir de los métodos de cultivo y tinción de finales del siglo XIX hasta convertirse en una disciplina de laboratorio que progresivamente añadió inmunoensayos, sistemas fenotípicos automatizados, amplificación de ácidos nucleicos y, más recientemente, espectrometría de masas MALDI-TOF y métodos genómicos. La adopción de la espectrometría de masas para la identificación rutinaria (Clark et al., 2013) y la expansión de las pruebas moleculares (Espy et al., 2006; Caliendo et al., 2013) marcan los cambios más recientes en cómo los laboratorios establecen un diagnóstico microbiano.
Related topics
Seminal works
- clark-2013
- espy-2006
- jorgensen-2009
- caliendo-2013
Frequently asked questions
- ¿En qué se diferencia la microbiología clínica de la microbiología en general?
- La microbiología general estudia los microorganismos de forma amplia; la microbiología clínica es la aplicación de la medicina de laboratorio que detecta y caracteriza los microorganismos que causan infecciones humanas en muestras de pacientes, incluyendo su susceptibilidad antimicrobiana.
- ¿Por qué un laboratorio de microbiología utiliza varios métodos diferentes?
- Ningún método único detecta todos los patógenos. El cultivo, la microscopía, la detección de antígenos y anticuerpos, la amplificación de ácidos nucleicos y la espectrometría de masas se adaptan a diferentes organismos y preguntas, por lo que los laboratorios los combinan según la muestra y el patógeno sospechado.