Síťová analýza změn počtu kopií genů
Síťová analýza změn počtu kopií genů (CNV) integruje celogenomová data CNV s biologickými interakčními sítěmi – jako jsou sítě protein-proteinových interakcí (PPI) nebo signálních drah – k identifikaci funkčně koherentních oblastí, hnacích genů a alterovaných subsítí, které by samotné volání CNV nezachytilo. Šířením signálů CNV prostřednictvím síťového grafu metoda odhaluje koordinované genomové nerovnováhy dávky, které konvergují k běžným biologickým funkcím, což ji činí obzvláště silnou v genomice rakoviny a studiích vzácných onemocnění.
Přečíst celou metodu
Pro přečtení této sekce se přihlaste s bezplatným účtem.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Zdroje
- Vandin, F., Upfal, E., & Raphael, B. J. (2012). De novo discovery of mutated driver pathways in cancer. Genome Research, 22(2), 375–385. DOI: 10.1101/gr.120477.111 ↗
- Leiserson, M. D. M., Vandin, F., Wu, H.-T., Dobson, J. R., Eldridge, J. V., Thomas, J. L., Papoutsaki, A., Kim, Y., Niu, B., McLellan, M., Lawrence, M. S., Gonzalez-Perez, A., Tamborero, D., Cheng, Y., Ryslik, G. A., Lopez-Bigas, N., Getz, G., Ding, L., & Raphael, B. J. (2015). Pan-cancer network analysis identifies combinations of rare somatic mutations across pathways and protein complexes. Nature Genetics, 47(2), 106–114. DOI: 10.1038/ng.3168 ↗
Jak citovat tuto stránku
ScholarGate. (2026, June 3). Network-Based Copy Number Variation Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/cs/bioinformatics/network-based-copy-number-variation-analysis
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Analýza variací počtu kopiíBioinformatika↔ compare
- Analýza obohacení genových sad (GSEA)Bioinformatika↔ compare
- Síťově orientovaná celogenomová asociační studie (Network-based GWAS)Bioinformatika↔ compare
- Síťově orientovaná analýza diferenciální exprese RNA-seqBioinformatika↔ compare
- Analýza obohacení drahBioinformatika↔ compare
- Volání variantBioinformatika↔ compare
Našli jste na této stránce chybu? Nahlaste ji nebo navrhněte opravu →