Process / pipelineBioinformatics / omics

ChIP-seq Peak Calling — Volání vrcholů pomocí chromátinové imunoprecipitační sekvenace

Volání vrcholů ChIP-seq je výpočetní pipeline, která identifikuje genové oblasti, kde je obohacen protein zájmu — transkripční faktor nebo modifikace histonů — na základě sekvenačních čtení z experimentů chromátinové imunoprecipitace. Převádí surová sekvenační data na sadu vysoce důvěryhodných míst vazby nebo modifikace v celém genomu, což umožňuje následnou analýzu regulace genů, stavu chromatinu a epigenetických mechanismů.

Otevřít v MethodMindJiž brzyVideoJiž brzyDownload slides

Přečíst celou metodu

Pouze pro členy

Pro přečtení této sekce se přihlaste s bezplatným účtem.

Přihlásit se

Method map

The neighbourhood of related methods — select a node to explore.

ChIP-seq Peak Calling

Analýza ATAC-seq Celogenomová asociační s…Analýza diferenciální ex…Zarovnání sekvencí Analýza jednobuněčné RNA…Volání variant Bayesovské volání vrchol…Volání diferenciačních v…Diferenciální epigenom-š…Volání vrcholů ChIP-seq…

+3 more

Zdroje

Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗

Jak citovat tuto stránku

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/cs/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Which method?

Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.

Analýza ATAC-seqGenetika↔ compare
Celogenomová asociační studie epigenomu (EWAS)Bioinformatika↔ compare
Analýza diferenciální exprese RNA-seqBioinformatika↔ compare
Zarovnání sekvencíBioinformatika↔ compare
Analýza jednobuněčné RNA-seqBioinformatika↔ compare
Volání variantBioinformatika↔ compare

Compare side by side →

Odkazuje sem

Bayesovské volání vrcholů ChIP-seq Volání diferenciačních vrcholů v ChIP-seq Diferenciální epigenom-široká asociační studie Celogenomová asociační studie epigenomu (EWAS)Volání vrcholů ChIP-seq s asistencí strojového učení Multi-omics single-cell RNA-seq analysis Analýza diferenciální exprese RNA-seq Zarovnání sekvencí Volání vrcholů v ChIP-sekvenování jednotlivých buněk Volání píků z časových řad ChIP-seq – profilování temporálního chromatinu

Našli jste na této stránce chybu? Nahlaste ji nebo navrhněte opravu →