蛋白质结构
蛋白质的组织结构是分层的,从氨基酸序列到多亚基组装体,正是这种结构赋予了每种蛋白质特定的功能。
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Definition
蛋白质结构是多肽原子在空间中的排列方式,可分为四个层次:一级序列、二级结构元素(如α螺旋和β折叠)、单条链的三维折叠(三级结构)以及亚基的四级关联。
Scope
本主题涵盖了蛋白质结构的四个传统层次——一级(序列)、二级(局部氢键模式)、三级(单条链的完整折叠)和四级(多条链的组装)——以及定义每个层次的键和相互作用,以及用于确定结构的实验方法。
Core questions
- 什么稳定了α螺旋和β折叠?
- 一级序列如何足以决定三级折叠?
- 纤维状蛋白质和球状蛋白质有什么区别?
- 蛋白质结构是如何通过实验确定的?
Key theories
- 氢键二级结构
- 泡利(Pauling)和科里(Corey)根据肽键的平面性和主链氢键的几何形状,在α螺旋和β折叠被观察到之前就预测了它们,从而确立了规则二级结构的物理基础。
Mechanisms
肽键是平面且具有部分双键性质的,这限制了主链的旋转,仅限于拉马钱德兰图中所示的phi和psi二面角。当主链酰胺和羰基形成规则的氢键模式时,会形成二级结构;三级结构通过疏水效应(将非极性侧链埋藏起来)、氢键、盐桥、范德华接触以及偶尔的二硫键来稳定。
Clinical relevance
X射线晶体学、核磁共振(NMR)和冷冻电子显微镜(cryo-electron microscopy)等结构测定方法是化学和材料科学中基于结构设计的基础;计算结构预测已成为连接序列与折叠的主要工具。本论述是描述性的,而非指导性的。
History
α螺旋和β折叠由泡利(Pauling)和科里(Corey)于1951年提出;肯德鲁(Kendrew)于1958年解析的肌红蛋白结构是第一个原子分辨率的蛋白质模型,随后不久佩鲁茨(Perutz)解析了血红蛋白,证实了预测的二级结构,并开启了结构生物学时代。
Key figures
- Linus Pauling
- Robert Corey
- John Kendrew
- Max Perutz
- G. N. Ramachandran
Related topics
Seminal works
- pauling1951
- kendrew1958
- nelson2021
Frequently asked questions
- α螺旋和β折叠有什么区别?
- α螺旋是单条链盘绕而成,氢键存在于同一主链段内,而β折叠是将延伸的链段并排排列,氢键存在于链段之间。
- 为什么肽键是平面的?
- 共振使C-N肽键具有部分双键特征,这阻止了其周围的旋转,并使肽单元的六个原子保持在同一平面上。