Phòng thí nghiệm vi sinh lâm sàng thực sự làm gì?

Nó phục hồi, xác định và mô tả đặc điểm vi sinh vật từ các mẫu lâm sàng, sử dụng nuôi cấy, định danh kiểu hình và phân tử, và các hệ thống chất lượng để kết quả phản ánh đáng tin cậy những gì có trong bệnh nhân.

Nuôi cấy có còn cần thiết không khi đã có các xét nghiệm phân tử?

Nuôi cấy vẫn là trung tâm vì nó phục hồi một chủng phân lập sống để xét nghiệm thêm, nhưng các phương pháp phân tử và khối phổ ngày càng bổ sung cho nó bằng cách tăng tốc độ định danh và, đối với một số mục tiêu, phát hiện vi sinh vật trực tiếp từ mẫu bệnh phẩm.

Chẩn đoán trong phòng thí nghiệm và các kỹ thuật nuôi cấy

Chẩn đoán trong phòng thí nghiệm và các kỹ thuật nuôi cấy là những phương pháp mà phòng thí nghiệm vi sinh lâm sàng sử dụng để phát hiện, nuôi cấy và xác định vi khuẩn gây nhiễm trùng. Lĩnh vực này định hướng cho người đọc về toàn bộ quy trình chẩn đoán, từ cách thu thập và vận chuyển mẫu bệnh phẩm đến cách nuôi cấy, định danh và xác nhận vi sinh vật bằng phương pháp kiểu hình hoặc phân tử, cùng với các hệ thống chất lượng giúp kết quả đáng tin cậy.

Tìm chủ đề với PaperMindSắp ra mắtFind papers & topics

Tools & resources

Tải xuống bản trình chiếu

Learn & explore

VideoSắp ra mắt

Definition

Chẩn đoán trong phòng thí nghiệm và các kỹ thuật nuôi cấy bao gồm các phương pháp phân tích và tiền phân tích được sử dụng trong vi khuẩn học lâm sàng để phục hồi, xác định và mô tả đặc điểm mầm bệnh vi khuẩn từ các mẫu lâm sàng, bao gồm nuôi cấy, định danh kiểu hình, phát hiện phân tử và đảm bảo chất lượng.

Scope

Lĩnh vực này khảo sát các thành phần của chẩn đoán vi khuẩn học như một quy trình làm việc liên kết: lựa chọn và xử lý mẫu bệnh phẩm phù hợp, môi trường nuôi cấy và điều kiện ủ để phục hồi vi sinh vật, định danh dựa trên kiểu hình và khối phổ, khuếch đại axit nucleic và các chẩn đoán phân tử khác, và kiểm soát chất lượng phòng thí nghiệm. Nó đóng khung những điều này như các khái niệm tham chiếu để hiểu cách tạo ra bằng chứng trong phòng thí nghiệm, chứ không phải là một hướng dẫn để yêu cầu hoặc diễn giải các xét nghiệm ở một bệnh nhân cụ thể.

Sub-topics

Core questions

Làm thế nào phòng thí nghiệm phục hồi mầm bệnh vi khuẩn từ mẫu bệnh phẩm lâm sàng?
Điều gì xác định liệu một vi sinh vật được nuôi cấy là mầm bệnh, vi sinh vật định cư hay chất gây ô nhiễm?
Làm thế nào để xác định vi khuẩn sau khi phục hồi, và những phương pháp mới hơn nào bổ sung hoặc thay thế nuôi cấy?
Những hệ thống chất lượng nào đảm bảo rằng kết quả vi sinh chính xác và có thể tái lập?

Key concepts

Các giai đoạn tiền phân tích, phân tích và hậu phân tích
Môi trường nuôi cấy và điều kiện ủ
Định danh kiểu hình
Khối phổ ion hóa giải hấp thụ laser hỗ trợ ma trận thời gian bay (MALDI-TOF)
Xét nghiệm khuếch đại axit nucleic
Chất lượng mẫu bệnh phẩm và nhiễm bẩn
Kiểm soát chất lượng phòng thí nghiệm và kiểm tra thành thạo

Mechanisms

Chẩn đoán vi khuẩn học tiến hành theo một quy trình làm việc mà tính hợp lệ của nó phụ thuộc vào từng bước. Mẫu bệnh phẩm đại diện cho vị trí nhiễm trùng được thu thập và vận chuyển trong điều kiện bảo quản vi sinh vật sống, sau đó được cấy vào môi trường và ủ trong môi trường phù hợp với các mầm bệnh nghi ngờ. Sự phát triển được kiểm tra và các chủng phân lập được xác định bằng các phản ứng kiểu hình hoặc, ngày càng phổ biến, bằng khối phổ MALDI-TOF; các phương pháp phân tử có thể phát hiện vi sinh vật trực tiếp từ mẫu bệnh phẩm mà không cần nuôi cấy trước. Trong suốt quá trình, các quy trình kiểm soát chất lượng xác minh rằng môi trường, thuốc thử và thiết bị hoạt động như mong đợi, để kết quả báo cáo phản ánh tình trạng của bệnh nhân chứ không phải là một sai sót trong phòng thí nghiệm. Hướng dẫn có thẩm quyền coi phòng thí nghiệm và bác sĩ lâm sàng là đối tác mà các quyết định chung của họ về việc thu thập và xét nghiệm gì sẽ quyết định hiệu quả chẩn đoán (Baron 2013).

Clinical relevance

Các kết quả được tạo ra bởi các phương pháp này là cơ sở cho nhiều bằng chứng được sử dụng để quy kết nhiễm trùng cho các vi sinh vật cụ thể và để theo dõi sự đề kháng. Hiểu biết về con đường chẩn đoán giúp người đọc đánh giá tại sao một mẫu cấy có thể âm tính mặc dù có nhiễm trùng, tại sao một mẫu cấy dương tính có thể là do nhiễm bẩn, và cách các công cụ phân tử và proteomic mới hơn thay đổi thời gian quay vòng chẩn đoán. Lĩnh vực này mô tả cách tạo ra bằng chứng trong phòng thí nghiệm và không phải là cơ sở cho các quyết định chẩn đoán hoặc điều trị cá nhân.

Evidence & guidelines

Hướng dẫn đồng thuận từ Hiệp hội Bệnh truyền nhiễm Hoa Kỳ và Hiệp hội Vi sinh vật Hoa Kỳ mô tả việc lựa chọn mẫu bệnh phẩm và sử dụng phòng thí nghiệm phù hợp để chẩn đoán các bệnh truyền nhiễm (Baron 2013). Các tài liệu tham khảo như Sổ tay Vi sinh lâm sàng hệ thống hóa các phương pháp nuôi cấy và định danh tiêu chuẩn (Jorgensen 2015), và các bài đánh giá đã chỉ ra sự chuyển dịch sang các chẩn đoán phân tử và proteomic nhanh hơn (Caliendo 2013).

History

Vi khuẩn học chẩn đoán phát triển từ các phương pháp nuôi cấy cuối thế kỷ XIX của các nhà vi sinh vật học ban đầu và trưởng thành trong suốt thế kỷ XX thành các sơ đồ kiểu hình tiêu chuẩn hóa. Cuối thế kỷ XX và đầu thế kỷ XXI đã mang đến sự khuếch đại axit nucleic và khối phổ MALDI-TOF, giúp rút ngắn thời gian định danh và, trong một số trường hợp, cho phép phát hiện mà không cần nuôi cấy (Caliendo 2013).

Seminal works

baron-2013
jorgensen-2015
caliendo-2013

Frequently asked questions

Phòng thí nghiệm vi sinh lâm sàng thực sự làm gì?: Nó phục hồi, xác định và mô tả đặc điểm vi sinh vật từ các mẫu lâm sàng, sử dụng nuôi cấy, định danh kiểu hình và phân tử, và các hệ thống chất lượng để kết quả phản ánh đáng tin cậy những gì có trong bệnh nhân.
Nuôi cấy có còn cần thiết không khi đã có các xét nghiệm phân tử?: Nuôi cấy vẫn là trung tâm vì nó phục hồi một chủng phân lập sống để xét nghiệm thêm, nhưng các phương pháp phân tử và khối phổ ngày càng bổ sung cho nó bằng cách tăng tốc độ định danh và, đối với một số mục tiêu, phát hiện vi sinh vật trực tiếp từ mẫu bệnh phẩm.