การระบุความแปรผันบนเครือข่าย — การหาจีโนไทป์ด้วยกราฟจีโนม
การระบุความแปรผันบนเครือข่าย (กราฟจีโนม) แทนที่จีโนมอ้างอิงเชิงเส้นเดี่ยวแบบเดิมด้วยกราฟความแปรผัน ซึ่งเป็นเครือข่ายที่โหนดแสดงถึงส่วนของลำดับ และขอบแสดงถึงเส้นทางทางเลือกที่ทราบผ่านจีโนม การอ่านลำดับจะถูกจับคู่กับกราฟนี้ ทำให้สามารถตรวจจับ SNP, indel และ structural variants ได้ด้วยอคติอ้างอิงที่ต่ำกว่าไปป์ไลน์อ้างอิงเชิงเส้นอย่างมาก เครื่องมือสำคัญได้แก่ Variation Graph Toolkit (vg) และ Graphtyper
อ่านวิธีฉบับเต็ม
เข้าสู่ระบบด้วยบัญชีฟรีเพื่ออ่านส่วนนี้
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
แหล่งอ้างอิง
- Garrison, E., Sirén, J., Novak, A. M., Hickey, G., Eizenga, J. M., Dawson, E. T., Jones, W., Garg, S., Markello, C., Lin, M. F., Paten, B., & Durbin, R. (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, 36(9), 875–879. DOI: 10.1038/nbt.4227 ↗
- Eggertsson, H. P., Jonsson, H., Kristmundsdottir, S., Hjartarson, E., Kehr, B., Masson, G., Zink, F., Hjorleifsson, K. E., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Melsted, P., Stefansson, K., & Halldorsson, B. V. (2017). Graphtyper enables population-scale genotyping using pangenome graphs. Nature Genetics, 49(11), 1654–1660. DOI: 10.1038/ng.3964 ↗
วิธีอ้างอิงหน้านี้
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based (Graph-genome) Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/th/bioinformatics/network-based-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Bayesian Variant Callingชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare
- การวิเคราะห์ความแปรผันของจำนวนสำเนาชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare
- การศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS)ชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare
- การแสดงออกแตกต่างกันของ RNA-seqชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare
- การจัดเรียงลำดับชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare
- การระบุความแปรผันชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare