การวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์แบบเบย์เซียน — การประเมินโครงสร้างชุมชนเชิงความน่าจะเป็น
การวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์แบบเบย์เซียนประยุกต์ใช้แบบจำลองเชิงความน่าจะเป็น — โดยหลักคือ กรอบการทำงานแบบ Dirichlet-Multinomial และกรอบการทำงานแบบลำดับชั้นที่เกี่ยวข้อง — กับข้อมูลจำนวนนับของ 16S rRNA หรือ shotgun metagenomic เพื่อประเมิน alpha-diversity (ความหลากหลายและความสม่ำเสมอภายในตัวอย่าง) และ beta-diversity (ความแตกต่างขององค์ประกอบระหว่างตัวอย่าง) พร้อมทั้งส่งผ่านความไม่แน่นอนตลอดทั้งกระบวนการอนุมาน ซึ่งแตกต่างจากแนวทางที่ใช้การสุ่มตัวอย่างแบบ frequentist วิธีการแบบเบย์เซียนถือว่าจำนวนลำดับของสิ่งมีชีวิตเป็นตัวอย่างจากองค์ประกอบแฝง ทำให้สามารถคำนวณช่วงความเชื่อถือได้ (credible intervals) สำหรับตัวชี้วัดความหลากหลายและการเปรียบเทียบอย่างมีหลักการระหว่างกลุ่มที่มีความลึกของการจัดลำดับที่แตกต่างกัน
อ่านวิธีฉบับเต็ม
เข้าสู่ระบบด้วยบัญชีฟรีเพื่ออ่านส่วนนี้
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
แหล่งอ้างอิง
- Holmes, I., Harris, K., & Quince, C. (2012). Dirichlet Multinomial Mixtures: Generative Models for Microbial Metagenomics. PLOS ONE, 7(2), e30126. link ↗
- La Rosa, P. S., Brooks, J. P., Deych, E., Boone, E. L., Edwards, D. J., Wang, Q., Sodergren, E., Weinstock, G., & Shannon, W. D. (2012). Hypothesis Testing and Power Calculations for Taxonomic-Based Human Microbiome Data. PLOS ONE, 7(12), e52078. link ↗
วิธีอ้างอิงหน้านี้
ScholarGate. (2026, June 3). Bayesian Statistical Analysis of Microbiome Diversity. ScholarGate. https://scholargate.app/th/bioinformatics/bayesian-microbiome-diversity-analysis
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- การวิเคราะห์เมแทบอโลมิกส์แบบเบย์ชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare
- การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการแบบเบย์เซียนชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare
- Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)ชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare
- การวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์บนฐานเครือข่ายชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare
- การวิเคราะห์วิวัฒนาการชาติพันธุ์ชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare