Поддержка и достоверность филогенетического дерева

Меры поддержки количественно оценивают, насколько убедительно данные подтверждают отдельные ветви предполагаемого дерева, что позволяет различать сильные и слабые части филогении.

Definition

Поддержка дерева — это количественная оценка достоверности данного клада или ветви филогенетического дерева, полученная путем передискретизации данных или из апостериорного распределения деревьев.

Scope

Эта тема охватывает поддержку, основанную на передискретизации, такую как непараметрический бутстреп и джекнайф, поддержку распада (Бремера) при парсимонии, байесовские апостериорные вероятности, а также интерпретацию и известные смещения этих мер, включая значение конкретного значения поддержки.

Core questions

• Как методы передискретизации оценивают достоверность клада?
• В чем разница между значениями бутстрепа и байесовскими апостериорными вероятностями?
• Как следует интерпретировать данное значение поддержки?
• Какие смещения влияют на меры поддержки?

Key theories

Непараметрический бутстреп

Признаки передискретизируются с заменой для создания псевдорепликатных наборов данных, и частота, с которой клад повторяется в репликатах, сообщается как его бутстреп-поддержка.

Интерпретация значений бутстрепа

Эмпирические и имитационные исследования показывают, что бутстреп-пропорции являются консервативными оценками надежности в реалистичных условиях, что подтверждает конвенцию о том, что высокие значения указывают на хорошо поддерживаемые клады.

Clinical relevance

Значения поддержки показывают исследователям, какие выведенные взаимосвязи достаточно надежны для использования, что является важной гарантией, когда филогении направляют атрибуцию вспышек, отслеживание источников или решения по сохранению видов.

History

Адаптация бутстрепа Фельзенштейном в 1985 году к филогениям ввела практическую меру достоверности, которая стала почти универсальной; последующие эмпирические тесты и рост байесовских апостериорных вероятностей уточнили, как систематики сообщают и интерпретируют поддержку ветвей.

Debates

Бутстреп против байесовских апостериорных вероятностей

Байесовские апостериорные вероятности часто выше, чем значения бутстрепа для одних и тех же данных, и продолжается дискуссия о том, какая из них лучше калибрована и как каждую следует интерпретировать.

Key figures

• Joseph Felsenstein
• David Hillis
• James Bull

Seminal works

• felsenstein1985
• hillis1993
• felsenstein2004

Frequently asked questions

Что означает значение бутстрепа в 95 процентов?

Это означает, что клад появился в 95 процентах анализов с псевдорепликатами, полученными путем передискретизации; высокие значения указывают на то, что результат устойчив к передискретизации признаков, хотя они не являются точными статистическими вероятностями.

Почему байесовские апостериорные вероятности отличаются от значений бутстрепа?

Они рассчитываются по-разному, при этом апостериорные вероятности отражают долю выборочных деревьев, содержащих клад; для одних и тех же данных они часто выше, чем соответствующая бутстреп-поддержка.