Байесовский филогенетический анализ — вывод эволюционных деревьев на основе MCMC

Байесовский филогенетический анализ использует теорему Байеса и выборку Марковских цепей Монте-Карло (MCMC) для оценки апостериорного распределения вероятностей по филогенетическим деревьям и параметрам модели при заданных наблюдаемых данных последовательностей. В отличие от методов максимального правдоподобия с бутстрэпом, которые возвращают одно наилучшее дерево, байесовский вывод дает доверительный набор деревьев с соответствующими апостериорными вероятностями, обеспечивая принципиальную меру филогенетической неопределенности. Это доминирующая структура для оценки времени дивергенции и предковых связей в молекулярной эволюции.