Сбор образцов и лабораторное подтверждение

Лабораторное подтверждение является основой расследования вспышки, поскольку оно устанавливает, что представляет собой возбудитель и у каких случаев он действительно присутствует. Процесс начинается со сбора правильных клинических или экологических образцов, в нужное время, от нужных людей, и продолжается транспортировкой, тестированием и типированием в лаборатории, в конечном итоге отличая подтвержденные случаи от тех, кто лишь соответствует клиническому описанию.

Definition

Сбор образцов и лабораторное подтверждение — это получение, транспортировка и тестирование клинических или экологических образцов для идентификации и характеристики возбудителя вспышки, что позволяет подтвердить диагноз, классифицировать случаи и установить лабораторную связь между случаями.

Scope

Эта тема охватывает, почему и как образцы получают во время расследования, роль лаборатории в проверке диагноза и уточнении определения случая до подтвержденного, вероятного и подозрительного уровней, а также использование лабораторного типирования и секвенирования генома для связывания случаев. Она носит концептуальный и методологический характер. В ней не приводятся протоколы обработки образцов, пороговые значения тестов или процедуры биобезопасности для какого-либо конкретного патогена, которые регулируются лабораторными и санитарно-эпидемиологическими рекомендациями.

Core questions

• Какие образцы, от кого и на каком этапе заболевания лучше всего идентифицируют возбудителя?
• Как собираются, транспортируются и тестируются образцы, чтобы результаты были достоверными?
• Как лабораторное подтверждение определяет категории подтвержденных, вероятных и подозрительных случаев?
• Как лабораторное типирование или секвенирование генома могут связать случаи друг с другом и с источником?

Key concepts

• Клинические и экологические образцы
• Время сбора относительно заболевания
• Транспортировка образцов и цепочка хранения
• Категории подтвержденных, вероятных и подозрительных случаев
• Чувствительность и специфичность диагностического теста
• Лабораторное типирование и субтипирование
• Полногеномное секвенирование для связывания случаев

Mechanisms

Соответствующие образцы, такие как респираторные образцы, стул, кровь или предполагаемые пищевые продукты и вода, собираются от достаточного числа случаев, в идеале до того, как лечение изменит результат, и транспортируются в условиях, сохраняющих возбудителя, с документированной обработкой. Затем лаборатория обнаруживает и идентифицирует возбудителя, и эти результаты уточняют определение случая по уровням: подтвержденный случай соответствует лабораторному критерию, в то время как вероятные и подозрительные случаи основываются на клинических или эпидемиологических признаках. Субтипирование и полногеномное секвенирование дополнительно устанавливают, имеют ли случаи один и тот же штамм, что подтверждает или опровергает их эпидемиологическую связь и помогает связать случаи с общим источником. Интерпретационная ценность любого результата зависит от чувствительности и специфичности теста.

Clinical relevance

Клинический и лабораторный персонал собирает образцы и генерирует результаты, которые подтверждают возбудителя вспышки и классифицируют ее случаи, поэтому качество и время сбора напрямую влияют на расследование. Понимание лабораторного подтверждения помогает медицинским работникам интерпретировать, почему случай классифицируется как подтвержденный, а не подозрительный. Эта запись описывает роль лабораторного подтверждения в расследованиях и не является протоколом обработки образцов, биобезопасности или диагностики для какого-либо конкретного патогена.

Epidemiology

Лабораторное подтверждение сыграло центральную роль в признании SARS как отдельного нового заболевания в 2003 году, когда клиническая и лабораторная характеристика определила синдром и его случаи. В более широком смысле, интеграция секвенирования генома патогена с эпидемиологическими данными стала стандартным способом подтверждения возбудителей и связывания случаев при расследовании вспышек, усиливая как классификацию случаев, так и атрибуцию источника.

History

Бактериология в конце девятнадцатого века впервые позволила связать вспышки с конкретными идентифицированными организмами, а полевая эпидемиология двадцатого века внедрила лабораторное подтверждение в многоуровневые определения случаев подтвержденных, вероятных и подозрительных случаев. Молекулярное субтипирование и, в последнее время, полногеномное секвенирование расширили роль лаборатории от наименования возбудителя до определения того, какие случаи связаны, интегрируя лабораторные и эпидемиологические данные.

Debates

Как определения случаев должны балансировать лабораторное подтверждение с чувствительностью?

Требование лабораторного подтверждения повышает специфичность, но может упустить реальные случаи, не имеющие положительного теста, в то время как широкие клинические определения охватывают больше случаев ценой включения не-случаев; поэтому расследования используют многоуровневые определения и корректируют их по мере развития возможностей тестирования и потребностей расследования.

Key figures

• Michael Gregg
• Yonatan Grad
• Marc Lipsitch

Seminal works

• lee-2003
• grad-lipsitch-2014

Frequently asked questions

Почему случаи классифицируются как подтвержденные, вероятные или подозрительные?

Многоуровневые определения случаев позволяют расследованию сбалансировать точность и полноту: подтвержденные случаи соответствуют лабораторному критерию и являются наиболее специфичными, в то время как категории вероятных и подозрительных охватывают клинически или эпидемиологически совместимые случаи, не имеющие лабораторного подтверждения, чтобы реальные случаи не были упущены на ранней стадии.

Как секвенирование генома помогает подтвердить вспышку?

Помимо наименования возбудителя, секвенирование сравнивает геномы изолятов от разных случаев; тесно связанные последовательности подтверждают вывод о том, что случаи являются частью одной и той же вспышки и могут иметь общий источник, дополняя эпидемиологические данные.