Suporte e Confiança da Árvore

As medidas de suporte quantificam a força com que os dados apoiam ramos individuais de uma árvore estimada, permitindo distinguir as partes fortes e fracas de uma filogenia.

Definition

O suporte da árvore é uma estimativa quantitativa da confiança em um dado clado ou ramo de uma árvore filogenética, derivada da reamostragem dos dados ou da distribuição posterior das árvores.

Scope

Este tópico abrange o suporte baseado em reamostragem, como o bootstrap não paramétrico e o jackknife, o suporte de decaimento (Bremer) sob parcimônia, as probabilidades posteriores bayesianas, e a interpretação e os vieses conhecidos dessas medidas, incluindo o significado de um valor de suporte particular.

Core questions

• Como os métodos de reamostragem estimam a confiança em um clado?
• Qual é a diferença entre os valores de bootstrap e as probabilidades posteriores bayesianas?
• Como deve ser interpretado um dado valor de suporte?
• Que vieses afetam as medidas de suporte?

Key theories

Bootstrap não paramétrico

Os caracteres são reamostrados com reposição para construir conjuntos de dados pseudorreplicados, e a frequência com que um clado se repete entre as réplicas é relatada como seu suporte de bootstrap.

Interpretação dos valores de bootstrap

Estudos empíricos e de simulação mostram que as proporções de bootstrap são estimativas conservadoras de confiabilidade em condições realistas, informando a convenção de que valores altos indicam clados bem suportados.

Clinical relevance

Os valores de suporte indicam aos pesquisadores quais relações inferidas são suficientemente confiáveis para serem utilizadas, uma salvaguarda essencial quando as filogenias guiam a atribuição de surtos, o rastreamento de fontes ou decisões de conservação.

History

A adaptação do bootstrap por Felsenstein em 1985 às filogenias introduziu uma medida prática de confiança que se tornou quase universal; testes empíricos subsequentes e o surgimento das probabilidades posteriores bayesianas refinaram a forma como os sistematas relatam e interpretam o suporte dos ramos.

Debates

Bootstrap versus probabilidades posteriores bayesianas

As probabilidades posteriores bayesianas são frequentemente mais altas do que os valores de bootstrap para os mesmos dados, e há uma discussão contínua sobre qual é melhor calibrada e como cada uma deve ser interpretada.

Key figures

• Joseph Felsenstein
• David Hillis
• James Bull

Seminal works

• felsenstein1985
• hillis1993
• felsenstein2004

Frequently asked questions

O que significa um valor de bootstrap de 95 por cento?

Significa que o clado apareceu em 95 por cento das análises pseudorreplicadas reamostradas; valores altos indicam que o resultado é robusto à reamostragem dos caracteres, embora não sejam probabilidades estatísticas exatas.

Por que as probabilidades posteriores bayesianas diferem dos valores de bootstrap?

Elas são calculadas de forma diferente, com as probabilidades posteriores refletindo a proporção de árvores amostradas que contêm um clado; para os mesmos dados, elas são frequentemente mais altas do que o suporte de bootstrap correspondente.