Enkeltcelle-GWAS — Celle-typespesifikk genetisk assosiasjonsanalyse
Enkeltcelle-GWAS er en integrativ bioinformatikk-pipeline som kartlegger genom-brede assosiasjonsstudie (GWAS)-signaler på enkeltcelle-transkriptomiske landskap for å identifisere hvilke celletyper og individuelle celler som bærer uforholdsmessig genetisk risiko for en sykdom eller egenskap. Ved å utnytte enkeltcelle-RNA-sekvenseringsatlasser sammen med GWAS-sammendragsstatistikk, går den utover vevs-nivå-assosiasjoner for å avdekke de presise cellulære kontekstene der sykdomsassosierte genetiske varianter utøver sine effekter.
Les hele metoden
Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.
Metodekart
Nabolaget av beslektede metoder — velg en node for å utforske.
Kilder
- Zhang, M. J., Hou, K., Dey, K. K., Sakaue, S., Jagadeesh, K. A., Weinand, K., ... & Price, A. L. (2022). Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data. Nature Genetics, 54(8), 1224-1234. link ↗
- Bryois, J., Calini, D., Macnair, W., Foo, L., Urich, E., Ortmann, W., ... & De Jager, P. L. (2022). Cell-type-specific cis-eQTLs in eight human brain cell types identify novel risk genes for psychiatric and neurological disorders. Nature Neuroscience, 25(8), 1104-1112. link ↗
Slik siterer du denne siden
ScholarGate. (2026, June 3). Single-Cell Genome-Wide Association Study. ScholarGate. https://scholargate.app/no/bioinformatics/single-cell-gwas
Hvilken metode?
Sett denne metoden ved siden av sin nærmeste slektning og les dem side om side — biblioteket legger bøkene på bordet; valget er ditt.
- eQTL-analyseBioinformatikk↔ sammenlign
- Genom-omfattende assosiasjonsstudie (GWAS)Bioinformatikk↔ sammenlign
- Pathway Enrichment AnalysisBioinformatikk↔ sammenlign
- RNA-seq differensialuttrykkBioinformatikk↔ sammenlign
- Single-cell eQTL-analyseBioinformatikk↔ sammenlign
- Analyse av enkeltcelle-RNA-sekvensering (scRNA-seq)Bioinformatikk↔ sammenlign
Referert av
Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →