Allelfrequentie en genotypefrequentie
Allelfrequentie is het aandeel van een bepaald allel onder alle allelen op een locus in een populatie; genotypefrequentie is het aandeel van individuen dat een bepaalde allelcombinatie draagt. Samen vormen deze twee grootheden de basisbeschrijvende maten van de genetische samenstelling van een populatie en de variabelen waarop elke evolutionaire kracht inwerkt.
Definition
Allelfrequentie is het relatieve aandeel van een bepaald allel onder alle kopieën op een locus in een populatie; genotypefrequentie is het aandeel van individuen in de populatie dat een gespecificeerd genotype op dat locus draagt.
Scope
Dit lemma definieert de twee frequentiematen, laat zien hoe elk wordt afgeleid uit genotypegegevens en legt de relatie tussen beide uit onder willekeurige paring. Het vermeldt ook hoe allelfrequentiegegevens zijn georganiseerd in populatiereferentiedatabanken. Het betreft een conceptueel en methodologisch onderwerp, geen klinische leidraad.
Core questions
- Hoe worden allelfrequenties afgeleid uit waargenomen genotypetelling?
- Hoe verhouden allel- en genotypefrequenties zich tot elkaar onder willekeurige paring?
- Hoe rapporteren populatiereferentiedatabanken allelfrequenties en waarom verschillen deze tussen populaties?
Key concepts
- Allelfrequentie
- Genotypefrequentie
- Alleltelling vanuit genotypen
- Minderheidsallelfrequentie
- Polymorfisme versus zeldzame variant
- Populatiespecifieke referentiefrequenties
Mechanisms
Allelfrequenties worden verkregen door allelkopieën over alle bemonsterde individuen te tellen en te delen door het totale aantal kopieën; voor een biallelisch locus tellen de twee allelfrequenties op tot één. Genotypefrequenties zijn de aandelen van elk genotype onder individuen. Onder willekeurige paring worden deze twee sets getallen met elkaar verbonden door de Hardy-Weinbergrelatie, zodat genotypefrequenties voorspeld kunnen worden uit allelfrequenties en de allelfrequenties van een steekproef kunnen worden herleid uit de genotypetelling. Evolutionaire krachten veranderen de samenstelling van een populatie precies door deze frequenties te wijzigen.
Clinical relevance
Populatieallelfrequenties zijn van centraal belang voor de interpretatie van genetische varianten: een variant die frequent voorkomt in een gematchte referentiepopulatie is doorgaans minder waarschijnlijk de oorzaak van een zeldzame ziekte, en dragerfrequentieschattingen zijn direct afgeleid van allelfrequenties. Deze maten beschrijven hoe variatie wordt gecatalogiseerd en als bewijs wordt gewogen; ze vormen op zichzelf geen basis voor individuele diagnose of behandeling.
Epidemiology
Allelfrequenties variëren tussen menselijke populaties als gevolg van hun demografische geschiedenis; grote catalogi zoals het 1000 Genomes Project rapporteren frequenties uitgesplitst naar populatie om populatiegematchte interpretatie van varianten te ondersteunen.
Evidence & guidelines
Populatiereferentiebronnen zoals het 1000 Genomes Project bieden allelfrequentiegegevens over vele populaties die breed worden gebruikt als uitgangswaarde bij het beoordelen van de zeldzaamheid van genetische varianten.
History
Het tellen van allelen en genotypen werd zinvol nadat de Mendeliaanse erfelijkheidsleer in het begin van de twintigste eeuw in populatietermen werd geformuleerd. Het Hardy-Weinbergprincipe maakte expliciet hoe genotypefrequenties zich verhouden tot allelfrequenties; de latere ontwikkeling van moleculaire markers en, uiteindelijk, grootschalige sequencingconsortia maakten allelfrequentieschatting tot een routine populatiebrede meting.
Key figures
- G. H. Hardy
- Wilhelm Weinberg
- Sewall Wright
Related topics
Seminal works
- hardy-1908
- 1000genomes-2015
Frequently asked questions
- Wat is het verschil tussen allelfrequentie en genotypefrequentie?
- Allelfrequentie telt kopieën van een allel ten opzichte van alle allelen op een locus, terwijl genotypefrequentie individuen telt die een bepaalde allelcombinatie dragen. Onder willekeurige paring zijn beide met elkaar verbonden door de Hardy-Weinbergrelatie.
- Waarom verschillen allelfrequenties tussen populaties?
- Omdat populaties verschillende demografische geschiedenissen hebben — stichtingseffecten, knelpunten, genetische drift, migratie en lokale selectie — die bepalen welke allelen veelvuldig of zeldzaam zijn geworden; daarom rapporteren referentiedatabanken frequenties afzonderlijk per populatie.