臨床検査診断と培養技術
臨床検査診断と培養技術は、臨床微生物学検査室が感染症の原因となる細菌を検出、培養、同定するための方法です。この分野では、検体の採取と輸送から、微生物の培養、命名、表現型または分子生物学的手法による確認、そしてそれらの結果の信頼性を保証する品質システムに至るまで、診断経路全体を読者に提示します。
Definition
臨床検査診断と培養技術は、臨床検体から細菌病原体を回収、同定、特性評価するために臨床細菌学で用いられる分析前および分析方法を包含し、培養、表現型同定、分子検出、および品質保証を含みます。
Scope
この分野では、適切な検体選択と処理、微生物を回収するための培養培地と培養条件、表現型および質量分析法に基づく同定、核酸増幅およびその他の分子診断法、ならびに検査室の品質管理といった、細菌学的診断の構成要素を連結されたワークフローとして概観します。これらは、個々の患者における検査のオーダーや解釈のためのマニュアルとしてではなく、検査室の証拠がどのように生成されるかを理解するための参照概念として位置づけられています。
Sub-topics
Core questions
- 検査室はどのようにして臨床検体から細菌病原体を回収するのですか？
- 培養された微生物が病原体、定着菌、または汚染菌であるかを決定する要因は何ですか？
- 回収された細菌はどのように同定され、培養を補完または代替する新しい方法はどのようなものがありますか？
- 微生物学の結果が正確で再現性があることを保証する品質システムは何ですか？
Key concepts
- 分析前、分析、および分析後の段階
- 培養培地と培養条件
- 表現型同定
- マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型（MALDI-TOF）質量分析法
- 核酸増幅検査
- 検体の品質と汚染
- 検査室の品質管理と技能試験
Mechanisms
細菌学的診断は、その妥当性が各ステップに依存するワークフローに沿って進行します。感染部位を代表する検体が、生存可能な微生物を保存する条件下で採取・輸送され、その後、疑われる病原体に適した雰囲気下で培地に接種・培養されます。増殖が観察され、分離株は表現型反応、または近年ではMALDI-TOF質量分析法によって同定されます。分子生物学的手法は、事前の培養なしに検体から直接微生物を検出することができます。全体を通して、品質管理手順は、培地、試薬、および機器が期待通りに機能することを確認し、報告された結果が検査室のアーチファクトではなく患者の状態を反映するようにします。権威あるガイダンスは、検査室と臨床医を、採取および検査すべきものに関する共同決定が診断収量を決定するパートナーとして位置づけています（Baron 2013）。
Clinical relevance
これらの方法によって生成される結果は、感染症を特定の微生物に帰属させ、耐性を追跡するために使用される証拠の多くを支えています。診断経路を理解することは、感染があるにもかかわらず培養が陰性である理由、陽性培養が汚染である可能性がある理由、そして新しい分子およびプロテオミクスツールが診断のターンアラウンドをどのように変化させるかを読者が評価するのに役立ちます。この分野は、検査室の証拠がどのように生成されるかを記述するものであり、個々の診断や治療の決定の根拠となるものではありません。
Evidence & guidelines
Infectious Diseases Society of AmericaおよびAmerican Society for Microbiologyからのコンセンサスガイダンスは、感染症診断のための適切な検体選択と検査室利用について記述しています（Baron 2013）。Manual of Clinical Microbiologyのような参考書は、標準的な培養および同定方法を体系化しており（Jorgensen 2015）、レビューは、より迅速な分子およびプロテオミクス診断への移行を追跡しています（Caliendo 2013）。
History
診断細菌学は、19世紀後半の初期の微生物学者の培養方法から発展し、20世紀を通じて標準化された表現型スキームへと成熟しました。20世紀後半から21世紀初頭にかけて、核酸増幅とMALDI-TOF質量分析法が登場し、同定時間を短縮し、一部の状況では培養なしでの検出を可能にしました（Caliendo 2013）。
Related topics
Seminal works
- baron-2013
- jorgensen-2015
- caliendo-2013
Frequently asked questions
- 臨床微生物学検査室は実際に何をしていますか？
- 培養、表現型および分子同定、品質システムを用いて、臨床検体から微生物を回収、同定、特性評価し、その結果が患者に存在するものを確実に反映するようにします。
- 分子検査が存在する現在でも培養は必要ですか？
- 培養は、さらなる検査のために生存可能な分離株を回収できるため、依然として中心的ですが、分子および質量分析法は、同定を迅速化し、一部の標的については検体から直接微生物を検出することで、ますます培養を補完しています。