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シングルセル系統樹解析 — シングルセル解像度での系統樹再構築
シングルセル系統樹解析は、単一細胞シーケンシングデータから進化または発生の系統樹を再構築し、個々の細胞が共通の祖先からどのように分岐したかを追跡する。体細胞変異、CRISPR導入バーコード、またはコピー数変化を遺伝性形質として活用することにより、この手法は腫瘍内、発生中の組織、または免疫レパートリー内のクローン関係を、前例のない細胞解像度でマッピングする。
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出典
- Jones, M. G., Khodaverdian, A., Quinn, J. J., Chan, M. M., Hussmann, J. A., Wang, R., Xu, C., Weissman, J. S., & Yosef, N. (2020). Inference of single-cell phylogenies from lineage tracing data using Cassiopeia. Genome Biology, 21(1), 92. DOI: 10.1186/s13059-020-02000-8 ↗
- Trapnell, C., Cacchiarelli, D., Grimsby, J., Pokharel, P., Li, S., Morse, M., Lennon, N. J., Livak, K. J., Mikkelsen, T. S., & Rinn, J. L. (2014). The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells. Nature Biotechnology, 32(4), 381-386. DOI: 10.1038/nbt.2859 ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Phylogenetic and Lineage Tree Reconstruction. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/single-cell-phylogenetic-analysis
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