קריאת וריאנטים מבוססת-רשת — גנוטיפ מבוסס-גנום-גרף
קריאת וריאנטים מבוססת-רשת (גנום-גרף) מחליפה את הגנום הלינארי הסטנדרטי בגרף וריאציות — רשת שבה צמתים מייצגים מקטעי רצף וקשתות מייצגות מסלולים חלופיים ידועים דרך הגנום. קריאות (reads) ממופות על גרף זה, ומאפשרות זיהוי של וריאנטים נקודתיים (SNPs), הכנסות/החסרות (indels) ווריאנטים מבניים, תוך הפחתה משמעותית של הטיית-ייחוס (reference bias) בהשוואה למסלולי עיבוד המבוססים על גנום לינארי. כלים מרכזיים כוללים את Variation Graph Toolkit (vg) ואת Graphtyper.
קראו את השיטה במלואה
התחברו עם חשבון חינמי כדי לקרוא חלק זה.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
מקורות
- Garrison, E., Sirén, J., Novak, A. M., Hickey, G., Eizenga, J. M., Dawson, E. T., Jones, W., Garg, S., Markello, C., Lin, M. F., Paten, B., & Durbin, R. (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, 36(9), 875–879. DOI: 10.1038/nbt.4227 ↗
- Eggertsson, H. P., Jonsson, H., Kristmundsdottir, S., Hjartarson, E., Kehr, B., Masson, G., Zink, F., Hjorleifsson, K. E., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Melsted, P., Stefansson, K., & Halldorsson, B. V. (2017). Graphtyper enables population-scale genotyping using pangenome graphs. Nature Genetics, 49(11), 1654–1660. DOI: 10.1038/ng.3964 ↗
איך לצטט עמוד זה
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based (Graph-genome) Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/he/bioinformatics/network-based-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- קריאת וריאנטים בייסיאניתביואינפורמטיקה↔ compare
- ניתוח שונות מספר העתקים (CNV)ביואינפורמטיקה↔ compare
- מחקר השוואתי של כלל הגנום (GWAS)ביואינפורמטיקה↔ compare
- ניתוח ביטוי דיפרנציאלי ב-RNA-seqביואינפורמטיקה↔ compare
- יישור רצפיםביואינפורמטיקה↔ compare
- קריאת וריאנטיםביואינפורמטיקה↔ compare