Prélèvement d'échantillons et confirmation en laboratoire

La confirmation en laboratoire est au cœur d'une investigation d'épidémie, en établissant la nature de l'agent pathogène et quels cas en sont réellement atteints. Le processus commence par le prélèvement des bons échantillons cliniques ou environnementaux, au bon moment, auprès des bonnes personnes, et se poursuit par le transport, les tests et le typage en laboratoire, permettant finalement de distinguer les cas confirmés de ceux qui correspondent simplement à une description clinique.

Definition

Le prélèvement d'échantillons et la confirmation en laboratoire désignent l'obtention, le transport et l'analyse d'échantillons cliniques ou environnementaux afin d'identifier et de caractériser l'agent causal d'une épidémie, permettant la confirmation du diagnostic, la classification des cas et l'établissement de liens en laboratoire entre les cas.

Scope

Ce sujet aborde les raisons et les modalités du prélèvement d'échantillons lors d'une investigation, le rôle du laboratoire dans la vérification du diagnostic et l'affinement de la définition de cas en catégories confirmées, probables et suspectes, ainsi que l'utilisation du typage en laboratoire et du séquençage du génome pour relier les cas. Il est de nature conceptuelle et méthodologique. Il ne fournit pas de protocoles de manipulation d'échantillons, de seuils de test ou de procédures de biosécurité pour un agent pathogène particulier, ces aspects étant régis par les directives des laboratoires et de la santé publique.

Core questions

• Quels échantillons, de qui et à quel stade de la maladie permettront d'identifier au mieux l'agent ?
• Comment les échantillons sont-ils prélevés, transportés et testés pour que les résultats soient valides ?
• Comment la confirmation en laboratoire définit-elle les catégories de cas confirmés, probables et suspects ?
• Comment le typage en laboratoire ou le séquençage du génome peut-il relier les cas entre eux et à une source ?

Key concepts

• Échantillons cliniques et environnementaux
• Moment du prélèvement par rapport à la maladie
• Transport des échantillons et chaîne de traçabilité
• Catégories de cas confirmés, probables et suspects
• Sensibilité et spécificité des tests diagnostiques
• Typage et sous-typage en laboratoire
• Séquençage du génome entier pour le lien entre les cas

Mechanisms

Des échantillons appropriés, tels que des prélèvements respiratoires, des selles, du sang, ou des aliments et de l'eau incriminés, sont prélevés sur un nombre suffisant de cas, idéalement avant que le traitement n'altère le résultat, et transportés dans des conditions qui préservent l'agent, avec une manipulation documentée. Le laboratoire détecte et identifie ensuite l'agent, et ces résultats affinent la définition de cas en catégories : un cas confirmé répond à un critère de laboratoire, tandis que les cas probables et suspects reposent sur des caractéristiques cliniques ou épidémiologiques. Le sous-typage et le séquençage du génome entier permettent en outre d'établir si les cas partagent la même souche, ce qui soutient ou réfute leur lien épidémiologique et aide à relier les cas à une source commune. La valeur interprétative de tout résultat dépend de la sensibilité et de la spécificité du test.

Clinical relevance

Les cliniciens et le personnel de laboratoire prélèvent les échantillons et génèrent les résultats qui confirment l'agent d'une épidémie et classifient ses cas ; ainsi, la qualité et le moment du prélèvement affectent directement l'investigation. Comprendre la confirmation en laboratoire aide les professionnels de la santé à interpréter pourquoi un cas est classé comme confirmé plutôt que suspect. Cette entrée décrit le rôle de la confirmation en laboratoire dans les investigations et n'est pas un protocole de manipulation d'échantillons, de biosécurité ou de diagnostic pour un agent pathogène spécifique.

Epidemiology

La confirmation en laboratoire a été essentielle pour reconnaître le SRAS comme une nouvelle maladie distincte en 2003, où la caractérisation clinique et de laboratoire a défini le syndrome et ses cas. Plus largement, l'intégration du séquençage du génome des agents pathogènes avec les données épidémiologiques est devenue une méthode standard pour confirmer les agents et relier les cas dans les investigations d'épidémies, renforçant à la fois la classification des cas et l'attribution de la source.

History

La bactériologie à la fin du XIXe siècle a d'abord permis de relier les épidémies à des organismes spécifiques identifiés, et l'épidémiologie de terrain du XXe siècle a intégré la confirmation en laboratoire dans les définitions de cas hiérarchisées de cas confirmés, probables et suspects. Le sous-typage moléculaire et, plus récemment, le séquençage du génome entier ont étendu le rôle du laboratoire, passant de la désignation de l'agent à la résolution des liens entre les cas, intégrant les preuves de laboratoire et épidémiologiques.

Debates

Comment les définitions de cas devraient-elles équilibrer la confirmation en laboratoire et la sensibilité ?

Exiger une confirmation en laboratoire augmente la spécificité mais peut manquer des cas réels sans test positif, tandis que des définitions cliniques larges capturent plus de cas au prix d'inclure des non-cas ; les investigations utilisent donc des définitions hiérarchisées et les ajustent à mesure que la capacité de test et les besoins de l'investigation évoluent.

Key figures

• Michael Gregg
• Yonatan Grad
• Marc Lipsitch

Seminal works

• lee-2003
• grad-lipsitch-2014

Frequently asked questions

Pourquoi les cas sont-ils classés comme confirmés, probables ou suspects ?

Les définitions de cas hiérarchisées permettent à une investigation d'équilibrer la précision et l'exhaustivité : les cas confirmés répondent à un critère de laboratoire et sont les plus spécifiques, tandis que les catégories probables et suspectes englobent les cas cliniquement ou épidémiologiquement compatibles qui manquent de confirmation en laboratoire, afin que les cas réels ne soient pas manqués dès le début.

Comment le séquençage du génome aide-t-il à confirmer une épidémie ?

Au-delà de la désignation de l'agent, le séquençage compare les génomes des isolats provenant de différents cas ; des séquences étroitement liées soutiennent la conclusion que les cas font partie de la même épidémie et peuvent partager une source, complétant les preuves épidémiologiques.